在東瀛如此混亂的時候，華夏三皇五帝時期早已過去，人間仙氣盈滿，無數人類修煉而成仙，仙道大盛，此時人仙二界強盛，妖魔二界不敢輕掠其鋒。而後仙氣逐漸衰竭，封於仙界之內，人間盈滿靈氣，此時仙界逐漸式微，無力管轄人間。

日照大神派出使者，在地上界結交華夏，兩者永結盟好，同時深受華夏道門影響，陰陽師之術開始流傳開來，在東瀛形成極其深遠的影響。而武士也在搏殺之中出現，兩者為了爭奪東瀛的統治權開始了無休無止的流血犧牲。

妖魔二界恢復元氣之後便開始了對於人間的侵略，日照大神與華夏聯手，各類武士與陰陽師前赴後繼倒下，但寡不敵眾，無數妖兵侵入華夏屠殺。

而東瀛因為實力弱小，遭到毀滅打擊，至高神不忍心見到東瀛火種盡滅，便開放了高天原的一角，為陰陽師界，來收納這些陰陽師和流散的武士進入避難，休養生息。

同時華夏人族也在此時開始崛起，無數強大修士棄仙氣而修靈氣，成就無上法力，展開第一次人魔之戰，魔界敗退，從此不敢為禍人間。

明朝時期，國師劉伯溫持劍斷天橋，引發東瀛的天浮橋震塌，從此天人永隔，龍脈震斷，人族衰微。

魔界趁機伙同妖族再次為禍人間，開啟第二次人魔之戰，人界又涌出一批強大修士，歷經數載終將魔族逼退。而此時，陰陽師界經過數百年的發展，已然壯大，出力甚巨，幫助華夏抵抗魔軍。

明朝正德年間，魔界野心膨脹，妄圖霸占三界，先攻冥界，先後擊敗十殿閻羅、五方鬼帝，又進攻黃泉界，黃泉界和冥界震動，邊界斷裂，無數鬼怪涌向人間，天下大亂。天帝震怒，派出十萬仙兵圍剿妖魔二界，至高神派出數神抵抗魔軍。

而因魔界對冥界的地藏菩薩出手，佛界也對魔界宣戰，人界也隨同出征妖界，高天原諸位大神也出手相助，終於人仙合力，妖界實力大損，從此再無力為禍人間。魔界在佛、人、仙、冥四界合力圍剿之下，也是傷亡極其慘重，但人類亦付出了慘痛的代價，同時高天原也遭到了毀滅性打擊，隱世再不出，無人知曉。

經此曠古一戰之後，妖魔二界一蹶不振，華夏的修煉界也遭到幾乎毀滅性的打擊，很難恢復元氣，後來逐漸退出了人類視線。但這並不代表修煉界已經消失。在現代社會，還是有許多的修煉門派，只不過極為隱蔽罷了。而在東瀛，陰陽師大多隱居在陰陽師界，武士衰微，劍宗也隨同撤往陰陽師界，一片萎靡之時，忍者這種生存能力極強的修煉者開始涌現。

明末清初，人間災禍不斷，天地大勢變化，妖氣魔氣逐漸消失，僅剩下妖魔邊界的幽冥之泉還存有妖魔之氣，妖魔二族為本族免遭滅族之危而爭奪幽冥之泉，大打出手，因此遭來險些滅族的橫禍。當時仙界已經准備出兵，可惜域外邪魔入侵，導致仙族被迫住手。