1645年的前幾個月對剛剛入關才一年的滿清是喜憂參半的。

在西北戰場，清軍在紅衣大炮的幫助下攻克潼關，多鐸下令盡屠投降的順軍馬世耀部七千人，並派兵往西安進。與此同時，北路的阿濟格雖然屢次擊敗李過、高一功等人的陝北軍團，但前進腳步被嚴重阻滯。只是在高、李二人率軍退往寧夏後，阿濟格的十余萬大軍才得以順利南下。而此時，李自成已經准備撤退了。

陝西（包括甘肅寧夏）這個死地如今對李自成來說更像是一個囚籠，無論是西面、北面還是東面，形勢都很不樂觀。因此，雖然賀珍在漢中三次擊敗李定國，穩住了南面的局勢，但李自成還是決意撤退。至於撤退的目的地，李自成原本定的是汝南，但被顧君恩勸阻後遂定於襄陽。

二月中，李自成率十三萬主力軍並數量更多的婦孺老弱經商州入鄧州。史載其「精壯驅而南下，留三千兵守城，塞井灶」，已經先期前往襄陽的牛金星等人率兵接應，李自成主力遂進入湖北。至此，他從陝甘帶來的十三萬精兵加上襄陽左近留守的原陝西、河南老兵七萬余人，其手頭的總兵力仍然過了二十萬。再加上其撤退途中分別於陳州、鄧州兩次擊敗清軍的出明軍的優異表現，李自成依舊是清軍的頭號大敵。

李自成主力撤出陝甘後，多鐸、阿濟格在西安會師，然後開始大肆招降附近留守的順軍雜牌武裝、二三線部隊。事情進行得還比較順利，多鐸上奏：「秦地攻克四城，收降三十八州縣」。而河南原本攻打順軍很起勁的總兵許定國等部南明軍隊。此時已經不鳥史可法的命令，轉而投降了清軍。南明委任的河南總督張縉彥上奏朝廷後，南明君臣依然不為所動，極力督促湖廣一帶的明軍傾力進攻順軍控制下的荊州，幾乎讓人為之氣結。李自成聞訊後。親率主力前往荊州，荊州圍解。

西北的戰局進行得很順利，多鐸與阿濟格兩路大軍雖然費了一番力氣，但終究掃平了秦地，收降李自成部的二三線武裝近十萬人，戰果甚至可以說輝煌。不過相比較而言。山東如今的局面簡直就是一坨屎。北京上下的八旗貴人們怎么也想不通，一個小小的只有一萬人駐守（滿清誇大事實）的煙台堡在五萬多大軍的圍攻下為何仍舊巋然不動，甚至他們還有余力四處出擊，極大動搖了「我大清」在北方的威信。

最近一個多月山東濟南府失陷武定州等五州縣、北直隸永平府失陷樂亭縣、天津衛大沽口遭炮轟；遼東更是誇張，金州、旅順口、皮島、鎮江等地次第失陷，金州城外留守的八旗馬隊更是遭到敗績。死傷百余人。最後還目送黃衣賊軍浮海而去，毫無辦法，活脫脫當年幾十萬明軍「歡送」幾千飽掠而回的清軍的德行。

面對遼海千里處處烽火的窘境，清軍不得不調整作戰重心。遠在北京的攝政王多爾袞下令，從阿濟格與多鐸兩部清軍中各抽調兩萬人，再輔以新近收編的陝西順降軍、河南明降軍三萬多人，合兵七萬。東調山東、北直隸一線。同時，多爾袞還准備從北京、錦州以及天津駐防滿蒙八旗中抽調出數千精銳馬隊，擇一宿將統領南下，統一指揮這總計將近八萬名清軍，以穩固岌岌可危的北直隸、山東形勢，並趁機窺伺江淮一線。

至於遼東，清軍則沒有好的辦法了。年紀十四歲以上、六十歲以下的精壯男子大部分都去了關內或遼西，關外只有一些老幼婦孺，青壯丁口不多，整個遼東加起來也就幾千馬隊、不到一萬步卒罷了。這么點兵力要防御這么大的面積。真可謂是力不從心。沒辦法之下，清廷只能下令沿海的那些實力薄弱的村堡往內6地區遷移，同時實行「集村並屯」政策，即將這些遷往內6的村堡居民都集中到一些便於防御的要點內。同時在各要點屯駐機動兵力，一處有事。立刻集結起大股馬隊前往救援，希望以此能夠遏制黃衣賊在沿海地區無休止的騷擾。

清軍在調動兵力、調整部署，而東岸人則處在一個難得的休戰間歇期內。5月25日，東岸船隊盡數集結在利尻島鴛泊港過冬季地內，計有炮艦2艘、武裝運輸艦2艘、運輸船2艘、蒸汽機帆船6艘（「破浪」號明輪船已調往澳洲）、中型漁船4艘，總噸位過一萬噸，可謂規模龐大。

連續作戰一個半月，東岸軍隊戰斗減員不過寥寥八十余人（主要是挺身隊和軍夫隊），非戰斗減員也不過才三四十人，卻取得了斃傷俘清軍一千五百多人的優異戰績。此外，還攻破了關內六州縣、遼東金州等四處要地、朝鮮鐵山郡等地，繳獲糧豆七千多石、牲畜四百余頭（只）、戰馬七十余匹。不光如此，他們在大沽口、皮島、鎮江三地還擊沉了清水師五十余艘小船，幾乎將其殘存的不多水上力量（孔、尚等人已正式轉為6軍）全部剿滅。