12月22日，東岸炮兵抵達濟寧州城下，而此時，高第、孔希貴二人也已經平滅了歸德府內的土寇——當然也順便糟蹋了一把地方，然後開始聯絡正率小股兵馬在兗州府、東昌府一帶剿匪的梅勒章京賴惱，准備舉兵東進。

而在北方，進軍神的新任登州總兵佟養量、臨清總兵宜永貴也率軍五萬開進了德州、臨清州一線——五萬余人的軍隊從清廷下詔開始只過了一個月就動員完畢，然後行軍至山東北部，在古代軍隊中也是難得的高效率了。至於保定總兵魯國男，現也已籌集完畢糧草軍械，開始兼程南下，准備在濟南府與其余數路清軍匯合。

清軍既來，正在濱州一帶搶運物資的東岸人也匆匆撤退了。來自大順的掌旅蔡華澤帶著手頭幾百人加上五百名東岸軍夫，驅趕著大群濱州左近的百姓，押運著收割完畢的糧食，也緩緩向青州方向退去。沿途的清軍勢力已被掃盪一空，即便有僥幸沒被撲滅也都嚇破了膽，因此他們這一路上也還算安全。

清軍調動頻繁，而這些莫茗都還不知道，因為此時他正在濟寧州城下親自指揮攻城戰。十多門加農炮圍著城牆一次排開，猛烈的炮火大頭牆體上磚石橫飛，大片城牆露出了內部黃色的夯土。守城的清軍知州將自己妻妾子女全部斬殺，然後號召城內士紳出糧出人，誓死抗擊黃衣海寇。同時也在城內散播謠言，說黃衣海寇殺人不眨眼，食人心、吃肚肺。很是蠱惑了一些不明真相的百姓上城助守。而當有少數人指出黃衣賊在登州將地主士紳的田地分給無立錐之地的貧民時。這些人很快便被扣上了海寇奸細的帽子當場正法。

激烈的戰斗繼續進行。城頭的清軍大聲吼叫給自己壯膽，但莫茗卻視若無物。自己的部隊又不是紙糊的，還怕打不過這些清軍臨時召集起來的雜七雜八的地方丁勇？況且，這些被一時蠱惑而血氣臨頭的鄉勇們在面對黃衣大炮出的金屬風暴後，多半便會血氣消散一走而空。在山東打了這么多年，莫茗見多了這些情況。

12月25日，濟寧東城牆大面積坍塌。任復性派來的杜沖所部主動請纓，要求攻入城內直取州衙。莫茗嘉許慰勉後下令其部進攻。只不過不知道是清軍鄉勇守衛家鄉戰意頑強呢，還是杜沖所部實在太菜，在一開始攻進城區後又被逆推了回來，死傷了三四百人，士氣也為之大損。

杜沖部敗退了回來，莫茗並不著急，他立刻將謝遷拎了出來，下令即刻進行攻擊。謝遷跟清軍早就勢不兩立了，此時也無二話，帶著四千多弟兄分批殺了過去。他的部伍經過稍許整訓。裁汰了一些老弱和兵油子，戰力有所提高。因此這次總算沒被逆推了出來，反而仗著人多勢眾步步為營殺了進去。

而就在這時候，早就被莫茗派出去的丁明吾也率著自己的上萬部屬從北城用蟻附攻城法攻了上去。濟寧州的清軍兵力薄弱，且大半被吸引到東城，此刻猝不及防之下頓時一擊而潰，竟然讓丁明吾精挑細選的數百名選鋒占住了一處城頭。

丁明吾部占據城頭後立刻依托源源不絕的援軍，將增援過來的少許捕快、衙役之流的清兵擊潰，然後打開了北城門，將自己的主力部隊放了進來。至此，清軍大勢已去。

沖進城內的「義軍」立刻開始了劫掠，甚至杜沖所部還與丁明吾的一些部屬為爭奪戰利品而打了起來。不過很快東岸挺身隊入城，抓捕了一些鬧得太過分的杜、丁二部的士卒並當場斬殺，這才很快止住了混亂的局面，濟寧州也終於免掉了成為第二個滋陽縣的噩運。

攻占濟寧州後，莫茗先下令黑人重步兵控制府庫。濟寧州是大運河上的重要節點，同時也是繁華的商埠，城內官倉府庫內多有錢糧，甚至還有一些軍資。此外，城內士紳商家也很多，各家存在宅子里的錢糧也是不少。莫茗讓清軍俘虜挨個指認，凡是資助過已**身亡的清知州守城的士紳商人一律鎖拿，並當場明正典刑，家產亦予以沒收。

在處理這些瑣事時，打探軍情的偵騎也是四處出擊。庫爾漢麾下的斥候們有三百五十騎之多，這些來自白山黑水的獵人弓馬嫻熟、裝備精良，穿上繳獲的清軍棉甲、避雷針後看起來比真韃子還真。他們在兗州府一帶東跑西竄，一邊打探各路消息，一邊趁機繪制地圖。而在他們的努力下，各方面的消息也次第傳來。