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整個五月份就在拓荒者們辛勤的勞作中渡過了。過了這個月，從南非方向就再也沒有新的移民船過來了，本年度的東方移民工作正式結束。而等到七月份的時候，前往歐洲的護航船隊也將攜帶另外一批移民（大部分是女奴）和物資返回東岸本土，到了那個時候，官方組織的移民活動才將正式終止。
而在移民活動進入尾聲的時候，西大荒地區的大豆秋收工作也進入了臨戰狀態。公司租賃的馬拉大豆收割機已經就位，農業工人們也養精蓄銳了好久，就待正式開動。不過，就在這個時候，一場不期而遇的疾病突然爆發了起來。
5月25日，一間住滿了意大利工人的窩棚內突然爆發了衛生部明確記載的十二種東岸常見傳染病之一的猩紅熱。消息傳出後，巡警立刻出動，采取了嚴格的隔離措施：爆發這種疾病的房屋立刻封鎖，由巡警站崗看守，禁止屋內的患病工人與外界居民有任何形式的接觸，直到這些人所患的疾病痊愈或者達到規定的隔離時間為止。
在此期間內，只有兩座農場唯一的一位醫生可以進出房屋，但醫生也必須遵守嚴格的預防措施，避免將病菌帶出病房。為此，在農場場部和聞訊緊急騎馬趕來的地區行政公署衛生局工作人員在屋內外准備多套醫用罩袍和簡單的消毒設施。
處於隔離期的工人工資照發，一應食水也都由看守他們的巡警遞送。在隔離期滿後，這間犯病房屋內的一切家什都將被嚴格消毒。甚至於，在患病的工人隔離期滿走出房屋後，巡警還將奉命將這間房屋全部燒毀——反正也是不值錢的簡易窩棚——以免有什么病菌再度傳染給別人。
這不是危言聳聽、小題大做，東岸人已經吃過這種虧了——當然是在老定居點。新開拓的土地由於在過去千萬年間都是荒蕪著的，沒人居住的這片土地污染程度相當輕，病菌數量也相對較少。因此，在這些邊陲拓荒點內，疾病大多來自於新移入的居民，就像這次爆發的猩紅熱一樣，疾病很可能來自於瓦倫蒂諾從舊大陸介紹來的意大利工人。這些人在碼頭隔離的時候很顯然沒有顯現出任何症狀，又或者他們是在碼頭時被別人給傳染了，總之灌木農場內原有的不到五百多居民中從未爆發過這種傳染病，這種可怕的傳染病只可能是被別人從外界帶入的。
與新拓荒點相比，本土的老定居點各種傳染病的發病率往往就要高上很多了。東岸共和國的居民們勤勞、堅韌，無所畏懼，惡劣的自然環境和艱辛的工作擊倒不了他們，但看不見摸不著的疾病卻在肆無忌憚地摧殘著他們的意志。這些疾病主要在兒童和老人中流行，如麻疹、天花、猩紅熱和白喉等傳染病，在青壯年中流行的主要是黃熱病，偶爾還會有一些可怕的傷害、痢疾和霍亂。
在去年下半年的時候，北方平安縣曾經爆發了一次可怕的霍亂流行病。最初的傳染源據信來自北方熱拉爾山脈間的葡萄牙人，這位做小商品批發的商人在保安鄉、平安鄉這兩個人口稠密的鄉鎮引發了一場大災難。整整六百人被傳染後隔離，當時整個工業區的生產都受到了一定程度的影響，巡警們緊急出動封鎖隔離的街區，縣民兵大隊被緊急動員起來，其場面不亞於一場小型戰爭。
鄰近縣鄉的醫生、護士也被緊急抽調到平安縣幫忙，剛剛在東岸推廣沒多久的吊瓶輸液技術被應用到了霍亂病的治療之上，但效果總的來說仍然不理想。以前沒吊瓶輸液技術的時候，霍亂病在東岸的死亡率總體維持在75%左右，但是現在有了這項技術，也僅僅是把死亡率堪堪降低到了66%，大量感染了病毒的人相繼死亡，其中包括一些熟練技術工人——這尤其令該縣縣長錢浩感到痛惜。
而就在采取了緊急措施，城區的病情被抑制住以後，霍亂病又在鄉間流行了起來。尤其是那些瓜拉尼雇工們聚居的村落，更是重災區，死亡率幾乎是100%。而更可怕的是，不知道是不信任東岸的醫生，還是害怕東岸軍隊將這些患病村子整個隔離，瓜拉尼人對這種疾病進行了隱瞞。他們偷偷將病死者的屍體草草掩埋到村外，又或者讓一些患病者攜帶一定量的食水獨自前往深山，斷絕與村子的交往，妄圖以這種方式隱瞞疾病爆發的事實，並被動地等待疾病自然消逝掉。
但這樣的草率的對策顯然是極為不負責任的，疾病非但沒能隱瞞，相反在周圍地區大規模流行了起來。不但對疾病抵抗力弱的瓜拉尼人大量患病並死去，定居在他們附近的東岸居民內也有很多人患病——這是因為一些患病的瓜拉尼人逃離了村子，然後將疾病帶到外地，不然以東岸鄉間的人口密度，任何一種傳染病都不是那么容易能夠流行起來的。
事情鬧大以後，北鴨子湖地區行政公署派出巡警火速封鎖各條道路，攔截一切可疑分子並就地隔離。同時，陸軍部下令隔壁的西湖縣民兵大隊抽調兩個中隊前往病情最嚴重的煤河鄉，對確定患病的以及疑似患病的村落都進行了封鎖。其中，東岸人自己的村落由醫生全面進駐排查情況，瓜拉尼村落則被立刻封鎖，若有不從者立刻射殺。
鴨子湖流域三個縣的醫生大部被調集到了煤河鄉，他們穿戴著嚴格消毒的醫用罩袍，前往幾乎已整體死絕的瓜拉尼村落，收殮病死者屍體並進行解剖，以確定他們的死因。與此同時，另外一支隊伍也被派往村外，去尋找瓜拉尼人處理掉的患病者屍體。沒掩埋的立刻掩埋，草草挖好的墳塋也被進行了加固，最後還由專人進行了統一的消毒。