碇真嗣各種鬧別扭、鬧情緒，都無法讓事情朝著自己希望的方向發展，最後更是直接補完，只留下他一臉懵逼。打敗使徒不是拯救人類么？怎么拯救了人類之後，就是對神經元的大清洗，怎么就是邪惡的補完儀式？他是一臉懵逼，根本不知道為什么會這樣。

通過一次次碰壁，最後碇真嗣終於認識到了自己和客觀世界碰撞的話，自己改變不了客觀世界，還是妥協好了。

碇源堂卻依靠陰謀詭計控制了神經元，而且一步步地奪取了人類補完計劃的主導權。其實對於碇源堂到底是如何成為神經元司令的，並沒有太多的介紹，很有可能是碇唯家族的勢力幫忙，或者是碇唯自己建立的勢力在幫忙。

劇情里只是介紹了碇源堂在大學時候和碇唯談戀愛，然後加入seele，之後就是成為了司令。成為司令之後他又是通過美男計控制了赤木母女，之後又通過多面間諜加持良治得到了鑰匙。然後通過對綾波麗的培養，試圖建立補完的通道。最後就是利用兒子駕駛初號機，希望初號機能發揮全部實力消滅所有的使徒。這就是他的布局。

當然過程中司令還有破局，主要就是針對seele的監視，以及破壞seele主導融合的關鍵，也就是渚薰。渚薰也是使徒，但被seele控制之後以人類胚胎的形式誕生出來，就成為了seele融合的通道。所以碇源堂必須要把渚薰激化為使徒，然後合情合理地干掉。

渚薰每次也很配合，把機會讓給了碇真嗣，說不是真愛都不行。

碇源堂的布局和破局是就沒有不順利的，只有到最後才出現問題，第一赤木律子的反派，這點問題不大。第二綾波麗二號的反叛，這點問題很大。第三就是碇唯的選擇，她選擇幫助兒子。

在新劇場版里還要加上冬月和真希波所代表的碇唯勢力的反叛，要不是冬月和真希波把希望之槍送給了碇真嗣，他最後還沒法重啟一個沒有使徒的世界。

所以碇唯家族或者碇唯自己肯定是有一方勢力的，屬於seele中的改良選擇派。他們不認為融合是最好的結局，所以做了其他的安排。可以推測出碇源堂一直在利用碇唯的改良派對抗原教義派，但最後改良派把碇源堂出賣了，轉而選擇碇唯的兒子。

從人類補完計劃中衍生出四大勢力，原教義派，改良選擇派，篡奪派，反對派。碇唯的改良派絕對是很吸引人的，畢竟原教義派的融合好不好並不確定，所以肯定有人會有疑問，有疑問就可以加入改良選擇派，不把籌碼壓在融合一端上。而且碇唯自己是以身作則，進入初號機，創造了新的選項。

碇源堂的錯誤就是把改良派的成功當做了是自己的功勞，而且渚薰也總說什么『里林的王』，簡直是把碇源堂誇得沒邊了，但事實上碇源堂不是一個人完成這么多工作的，幕後還有碇唯留下的改良派的努力。碇源堂只是一個代表而已，杜蘭表示要用人民歷史觀看待問題，不能學渚薰用英雄歷史觀看待問題。

如果一切都是碇源堂的努力，那么最後他也不會被兒子打敗了。因為碇源堂所代表的就是篡奪派，碇唯才是改良派的代表。當碇唯一次兩次表達反對之後，改良派也就意識到篡奪派和改良派的宗旨出現了分歧，最後只能選擇與碇真嗣進行合作。當然碇真嗣是一臉懵逼的，不過碇唯相信兒子的善良能讓他做出正確的選擇。