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黃文金沒想到孫胡子看起來這么一個草莽野夫，居然也有這么大的志向，他問道：「老孫，真有一手！早知道咱們就合伙干上一大場，等打回廣西老家，我請你吃我家釀的老酒，當年起義之前我親手埋下的！」

而一旁的林嵩倒是抱有質疑態度，他說道：「督軍，你這想法甚好，志向也是極廣，但是我們不必想那么廣的問題，現在我們只占了閩東、閩北、閩西大部，別說是殺過五嶺，就是盪平全閩估計還得好久！」

這是實情，這次福州戰役最後讓清軍主力和城內的閩浙總督、福建巡撫、福建布政使等要員都跑個精光，他們迅速南撤重新組織起來。

福建雖然是沿海地形，但是山多林密，不適合大部隊展開，更不要說現在虹軍占領區尚有大量灰色的游雜武裝存在，甚至還有少量清軍依舊活動。

因此按照林嵩的想法就是，如果沒有大批援軍入閩，就以虹軍在在福建的現有兵力，至少還要六個月才能占領全閩，而讓福建安定下來，至少還要三個月的時間，這還是建立在不要出生第二個石雲慶的情況下。

不過孫胡子有自己的想法：「關健是隊伍要純潔，都說老三營是怎么精良的隊伍，可當初成營的時候，是什么一個情況，你們不清楚，我最清楚，咱們磐石營幾乎都是三心二意的綠營兵，隨時都准備跑。可是現在看，他們哪一個不是對燕王殿下忠心耿耿！」

他下了結論：「關健是干部要訓練，政工要跟上。咱們虹軍各支部隊之中，就以我們福建地區的政工最為薄弱，干部意志最為軟弱。因此我准備一邊戰斗一邊整軍……」

對於這次整軍的後果，林嵩與瞿質斌都沒有做好預期，甚至孫力行都沒想到最後的結果。

《福建軍區戰史》以官方的語言總結這次整軍：「在孫力行督軍的督促之下，駐閩各部隊進行轟轟烈烈的第一次整軍，這次整軍肅清了石雲慶叛徒集團的惡劣影響，引進了大批年富力強忠於虹軍的新干部，大大鼓舞了我軍的士氣，並把駐閩虹軍建設成燕王殿下最有戰斗力的部隊！」

而第三師官方戰史《堅如磐石》則大聲歌頌了他們在這方面對孫力行的配合：「在實施江南戰役的同時。我們協助了老師長、時任福建督軍的孫力行將軍的福建整軍行動，不抱小團體主義，顧全大局，在十分困難的情況下調出排以上干部二百六十名，並從福建軍區調入虹軍干部二百一十名，並將這些干部安排到適當的位置！」

但是當時的檔案有著與官方史料不同的說法，特別是這次整軍的當事人更是如此。若干年後軍內人事部門曾有總結：「福建整軍是我軍歷史輝煌的一筆，為建設堅誠可靠的我軍創造了堅實的條件，但也存在著若干後遺症，如當時將一百四十三名干部鑒定為石雲慶死黨與紅巾軍余黨，將其全部清除出軍隊轉回原籍工作。另有紅巾軍干部二百一十名調到江蘇方面任職，全部降一級使用，現在這些干部對此表示強烈不滿，要求恢復原有待遇。」

而當事人的反應更為強烈，許多主動或被動參加石雲慶之變的當事人紛紛上訴：「我們是原福建獨立一旅、福建獨立第二營等部隊的一批老干部老戰士，大多是一八五五年、一八五六年參軍的老戰士，還有相當人員是參加了溫州、台州時期虹軍初建時期的老戰士，在石雲慶發動叛變時雖然對石雲慶叛徒集團作了堅決的斗爭，但是由於客觀環境的影響，一度被裹脅到叛軍之中。

但是我們始終不曾改變對皇帝與虹軍陛下的一片赤誠之心，一有機會就主動返回到虹軍之中，但是事後福建軍區主要領導人無視事實，對被迫裹脅入叛軍的干部戰士進行無情報復，除部分人開除軍籍、轉業到地方之外，我們這些早期參加革命的干部戰士亦在此人一手組織的福建整軍運動中被迫重新入伍，不但一些原本擔任營連排職務的老干部重新從戰士干起，而且軍籍亦重新從一五五七年七月一日開始計算。

在過去的若干年中，我們默默為皇帝陛下與國家做出全部的奉獻，但是伴隨時間的流逝，我們與同期參軍的其它戰友相比，待遇上拉得越來越大，如丁孝順中尉，與他同時同地入伍的十三名戰友，今天已經有人晉升到少將，大部分是上校、中校，只有個別人是少校，只有他本人只有中尉待遇，至於在薪金就差得更多，根據我們的調查，與同期入伍的戰友相比，待遇至少相差百分之七十，有些時候更多達三四倍之多。

鑒於我們在過去歲月的忠誠與可靠，強烈要求糾正福建軍區的錯誤做法，對我們軍籍從實際入伍開始計算，並對已經符合年限的戰友進行正常晉升，並享受虹軍初創時期老干部的全部待遇。」