菜恩鎮是富人區，遍布著昂貴的小時裝店、咖啡館和餐館，看上去古雅而又寧靜。邵子平家在天惠教堂街上，是棟白色的木頭和石材混合結構的三層小樓。

邵子平將張純如介紹給了妻子和孩子，還借給了張純如一輛別克，這樣張純如每天就可以開車去耶魯查資料了。

第二天早上，張純如來到了耶魯大學。她穿過圖書館，繞過圓形中央大廳，來到了檔案館。空盪盪的檔案館里，只有張純如的腳步聲在回響。突然間，張純如停住了腳步，像是現了什么似的。她扭頭看向圖書架子上整整齊齊的資料，隨後邁步走了過去。

不知道怎么回事，這只是一個普通的鏡頭，但現場的觀眾卻有一種宿命相逢的感覺。在場的華人和中國人的這種感覺更加強烈，他們知道張純如在讀了《魏特琳日記》後，便將魏特琳視為偶像，而最終她也像魏特琳那樣選擇了自殺。

張純如站在圖書架子前，抽出了一本厚厚的資料，然後緩緩打開。張純如翻書的動作很慢，仿佛手里的資料有千鈞重。在場所有人都知道這即將打開的不是一本書，而是一段沉重的歷史。

就在張純如翻開日記的瞬間，鏡頭切換，艾米-亞當斯扮演的魏特琳出現在鏡頭中。她坐在桌前，不斷敲擊著打字機。與此同時，魏特琳的聲音響起：「11月21日，星期天。昨晚，瑪麗-特威納姆大約在午夜把我們送回來。我永遠也不會忘記這一經歷。我們現傷員們一群一群地聚集在火車站的各個地方，也許有2oo人，但我不能肯定……」

鏡頭切換，拉貝同樣坐在打字去前，敲擊著鍵盤：「我想要一個汽車特別通行證，以便在第二次警報拉響後……」

就在此時，此時嗚嗚的防空警報響起。拉貝寫日記的時候是晚上，房間里還亮著燈。不過鏡頭切到空中時，卻是碧空萬里的大白天。此時蘇聯援華抗日航空志願隊六架戰斗機正與日軍六架戰斗機展開激戰，這也是蘇聯志願空軍抵達中國後的第一戰。

斯科塞斯突然笑了起來，這部電影有三條主線，三個主角，而這個三個主角又並不在相同的時空里，電影會在三個人物之間不斷的切換，如何平穩的轉場，如何流暢的敘事，對任何一個導演來說都會是一個考驗。

鏡頭切到拉貝別墅，拉貝站在窗口，拿著望遠鏡觀看空中的戰況。鏡頭切到空中，雙方的激戰還在繼續。鏡頭切到金女大，魏特琳也正仰頭觀看天空的激戰，而旁邊的程瑞芳則對著日軍飛機不住咒罵。鏡頭切回到空中，一架蘇軍的伊16戰斗機起火墜落，很快一架日軍的九六戰斗機冒著黑煙墜毀在南面，隨後日軍飛機撤退。

鏡頭切回到拉貝別墅，拉貝穿上大衣，讓秘書韓湘琳准備車。韓湘琳提醒道：「拉貝先生，現在太危險了。」拉貝堅持道：「今天要討論成立安全區的事，我必須去。」韓湘琳馬上道：「好的，我馬上去准備。」

汽車開進金陵大學，拉貝和韓湘琳從車上下來，邁步向校董會議廳走去。房間里已經坐著十多個外國人了，他們見到拉貝進來，便紛紛跟他打招呼。很快，橢圓形的辦公桌周圍了人，有美國人、英國人、丹麥人，也有德國人。

金陵大學校董會董事長杭立武站起來，用流利的英語道：「今天，我們聚集在這里，是征詢各位的意見，能否充當南京市民的保護人？目前的局勢諸位都很清楚，南京陷落已不可避免，魔都的雅坎諾神父已為我們作出了榜樣。」他揚揚手中的報紙，接著道：「我們能否仿照魔都的經驗，成立一個安全區呢？」

這個建議很快獲得了一致通過，他們決定仿照魔都難民區的先例，成立一個國際救濟機構。他們給這一組織起了一個全球性的名稱南京安全區國際委員會，希望在最危急的時候，讓難民有一個躲避的場所能避免日軍的轟炸和炮擊。

在討論委員會成員時，有人推舉拉貝出任國際委員會主席，並得到了大家一致的贊同。拉貝連忙擺手，推遲道：「這個責任重大，我恐怕難以勝任如此重要的職位。」

現場眾人紛紛勸道：「你是德國人，有望更好地同東瀛人打交道。」

「東瀛和德國是盟國，由你出面事情要好辦些。」

「你在中國3o年，有能力，有經驗，完全能勝任這職務。」

「拉貝先生，你是再合適不過的主席人選。」杭立武也勸道，「馬吉牧師正在籌備國際紅十字會南京分會，他會緊密配合安全區國際委員會的工作的。」

拉貝沒有再推遲，站起來，充滿激情地道：「德國和東瀛是盟國，我作為德國人，與東瀛交涉，有一定的優勢。我2o多歲就來到了中國，我一生中最美好的青年時代都在這個國家偷快度過，我的兒孫都出生在這里，我的事業在這里得到了成功，我始終得到了中國人的厚待。我將竭盡全力，不負諸位的厚望。」他的演說，贏得了全體與會人員的熱烈掌聲。

換面切換，出現在鏡頭中的是一幅1937年的南京地圖。在地圖的中心出現了一個紅色十字，隨即一條紅線以紅十字為中心，沿著四周的街道游走，勾畫出一個六邊形，這就是南京安全區。界內共分設交通部大廈、五台山小學、漢中路小學等25個難民收容所。