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其實，日軍於1933年就在哈爾濱設置了細菌戰秘密研究所——後來的關東軍防疫給水部總部（通稱為石井部隊），開始設置在哈爾濱市東南方的拉賓線上的小站背陰河，為了保密，又稱作「加茂部隊」， 後來，為掩人耳目又改稱「東鄉部隊」，到1938年初已變成一支大規模的秘密部隊。

1938年6月13日，日軍將距哈爾濱市中心區往南約20公里地區，當時稱作濱江省平房鎮，劃定為關東軍的軍事特區，在平房附近有三屯、四屯和五屯三個村落，軍事特區大致設在這三個村落的中心位置，成為滿洲731部隊所在地。

在約6平方公里、禁止入內的寬闊軍事特區內，日軍花費了一年多的時間，建設大規模軍事設施，設施包括宿舍群、發電站、鐵路支線、訓練設施、平時可關押8000-50000人的監獄、大大小小的許多研究室、訓練用的馬場、大禮堂、運動場和神社，軍事特區周圍是架設著高壓電線的土牆和壕溝。

1938年7月9日，蘇聯十幾名士兵在張鼓峰山頂西側（即偽「滿洲國」一側）構築陣地工事，到7月11日人數增加到40多名。7月15日，3名日軍在防川兩名向導帶領下，帶照相機、望遠鏡，潛入張鼓峰附近蘇聯控制的一側，繪制和拍攝蘇軍軍事設施時被蘇軍發現，一名日軍被蘇軍擊斃，其余人慌忙逃跑，此事端立刻成了雙方沖突事件的導火索。

張鼓峰位於吉林省琿春市敬信鎮防川村北1.5公里的中俄國界線上，海拔155.1米，按照清代和民國初年中國方面的地圖，以及沙皇時代的俄國地圖，張鼓峰為中國琿春轄境。

7月29日上午，日軍又發現約有10名蘇軍在張鼓峰以北兩公里的沙草峰構築陣地工事，日方認為這屬無理挑釁，於是，便集結在圖們江對岸朝鮮慶興、阿吾地的日軍第十九師團，於7月30日晚間渡過中朝界河圖們江，以兩個大隊的兵力，在炮火的掩護下，向張鼓峰和沙草峰的蘇軍發起進攻，並於7月31日凌晨，日軍占領了張鼓峰和沙草峰。

蘇軍豈能善罷甘休，為奪回陣地，動用了飛機、坦克和大炮，對張鼓峰進行猛烈的攻擊。與此同時，還不斷出動飛機轟炸朝鮮慶興、高邑等地的日軍增援部隊，蘇軍封鎖了圈河中朝大橋，蘇聯海軍又封鎖了圖們江口。

日軍後方被蘇軍封鎖後損失慘重，無力繼續作戰，於8月10日，日蘇在莫斯科締結張鼓峰停戰協定。至此，歷時13天的張鼓峰戰役宣告結束。

張鼓峰事件後，日偽當局強令防川、沙草峰、陽關坪、會忠源等地的140多戶農民全部遷出，將這一帶劃為禁區，同時又在防川附近的圖們江上立樁堵江，封鎖了圖們江航道，從此，中國利用圖們江航道的出海的正當活動被迫完全中斷。

蘇方占據了張鼓峰和沙草峰後，在陽關坪一帶，將其控制地區推進到圖們江邊，僅留一條通往防川的小通道，張鼓峰之役的失利和隨後的諾門罕戰役的慘敗，給了當時日本軍方信心極大的打擊,以致於取消了原打算進攻蘇聯的西進計劃，轉而把戰略重點放在中國內陸沿海和中原地區，以及太平洋戰場。

就在張鼓峰事件之後沒過多久，日蘇軍隊又在中國東北與蒙古接壤地區的邊境屢屢發生沖突，1939年5月12日，日、蘇軍隊在哈勒欣河附近的諾門坎地區發生大規模的激烈交戰，此事件也稱哈勒欣河事件。

1939年5月12日關東軍指使「滿洲軍」進攻諾門坎附近的蒙古人民共和國駐軍，挑起諾門坎事件。7月1日日軍出動第23師團和130架飛機侵入諾門坎，遭到蘇聯軍隊的猛烈回擊，異常慘烈的戰斗進行三日，日軍遭受重創而被擊退。

日軍不甘心失敗，於7月23日再度組織部隊卷土重來，實施瘋狂的報復進攻，結果被早已嚴陣以待的蘇聯軍隊打得落花水，僅一天功夫就被擊潰敗逃。

為了給日軍致命一擊而消除隱患，8月20日朱可夫將軍指揮蘇蒙聯軍，在坦克、重炮、飛機掩護下發起總攻擊，結果日軍遭到裝備優良的蘇軍的重創，死傷1萬7千余名，第23師團幾乎全軍覆沒。

23日《蘇德互不侵犯條約》訂立，9月3日，日本大本營強令關東軍停止作戰行動並撤換其司令官、參謀長，9月9日，日本駐蘇大使東鄉茂德奉命與蘇聯交涉停戰事宜，蘇聯鑒於歐洲大戰已開始，便接受了日方求和的要求，於9月15日莫洛托夫與東鄉訂立諾門坎停戰協定。

諾門坎事件之後，日軍「加茂部隊」 正式從背陰河和濱江遷進了用鐵絲網圍起平房附近三屯、四屯和五屯三個村落的這個大軍事設施特區之中，再改秘密番號，稱之為「滿洲731部隊」。

從此，在這一軍事設施內究竟發生了些什么事，進行了什么樣的研究，這在當時是絕密中的絕密，是被封鎖在軍隊厚厚的帷幕之中的。「即使是友軍的飛機，擅自飛入上空時，也可以擊落」，因為，731部隊擁有專用的戰斗機。

當時，日軍在哈爾濱市的恐怖課題組分為新舊兩大區，新市區吉林街有一幢叫做「白樺寮」的紅磚建築，是一棟三層的高大建築（部分是兩層），這里是聯接部隊外部和內部的秘密聯絡站，白樺寮和法國電影中常常出現的那種公寓相似，是一幢設有內部庭院的「口」字型的建築，在入口處有大門，供部隊的軍用卡車和大轎車出入。

731部隊人員前往哈爾濱市時，先乘大轎車或卡車到白樺寮，在內部庭院里換上便裝再出大門，前往哈爾濱市內，而返回731部隊時，則按相反的順序來進行。

白樺寮是一種像公用大廈的建築，作為若干與日本軍隊有關的機關、團體的辦公室、投宿、就餐來使用，表面上是滿洲國政府接收的一幢建築物，實際上是731部隊的秘密聯絡站，不過，即使是哈爾濱市市內的日本人中也只有極少數人知道這一點。

從白樺寮出發，穿過哈爾濱市內，在左手方向可以看見忠靈塔，乘坐大轎車沿著寬闊的農村道路，搖晃約近一小時，通過新發屯，過五屯，來到右手方向可以看到四屯的地方，就看到了與被叫做8372部隊的航空隊專用機場相鄰接的、用鐵絲網和土牆彎彎曲曲包圍著的寬闊的一角，這就是731部隊的根據地。