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皇家科學院作為大明基礎性研究的地方，是理論科學的重要輸出地，也因此，朱由校對皇家科學院的干涉反而要比皇家工程院要小得多。

朱由校也沒有指望著皇家科學院能在短時間內給自己帶來什么經濟上的盈利，他只希望大明的皇家科學院在科學理論建設上趕超西方，甚至超過西方。

也只有科學理論和觀念上領先了世界，在下游的科學研發才能取得進步，並使得國力遠遠超越其他帝國。

大明現在還沒有完全脫離世界前列的軌道，一切都還來得及，而皇家科學院則要作為追趕與超越的引擎，雖然也花了朱由校的不少的銀子，但帶來的前景卻是令人遐想。

比如茅元儀的蒸汽機一旦建成，肯定會改變整個國家的工業模式，以人為主的生產模式將改為以機械為主。

而人更多的精力將更多的應用於知識的革新與技術的進步和，當然還有戰爭的延伸。

不過，現在皇家科學院的人並不多，到現在院士也沒到三十人，其中大多數一些好雜學旁收的老儒或者退休官員。

但這也是沒辦法，在一個儒家體系的王朝里，要想找幾個搞科學的實在是難上加難，就這三十來個也是徐光啟自己去民間召集到的，其中很多都是不被人重視甚至被人奚落的離經叛道之徒。

好在，現在的皇帝陛下朱由校跟他們一樣「不務正業」，使得他們有了領著俸祿鑽研自己興趣的機會。

新思想的活躍，對程朱理學提出質疑也算是晚明社會少有的亮點，朱由校要做的就是將這個亮點放大，並使得大明在思想領域上來一次三千年之未有之大變局。

而不是讓這股新思潮到清朝後就戛然而止，最後甚至自留下一堆奴才和麻木不仁的世態人心。

徐光啟現在對孟德爾的遺傳學定律簡直是痴迷到了茶飯不思的地步，甚至在從朱由校提供的資料中得知孟德爾的豌豆自交實驗後他自己還專門做了茉莉花的自交實驗，但他驚訝的發現當花斑色茉莉花自交後卻出現了白色、綠色、花斑色三種顏色的茉莉花。

朱由校一來皇家科學院，他就找到朱由校並有些質疑地提起這事來：「陛下，這叫孟德爾的人所說的不對啊，這要是真有什么他所說的那種什么遺傳因子和遺傳定律，這種雜色的茉莉花其後代也應該表現為綠色和白色，而且是三與一的比才對，怎么就出現了三種顏色。」

朱由校很想告訴徐光啟，這茉莉花的花瓣顏色不是細胞核內基因決定，而是由細胞核外遺傳物質決定的，而孟德爾的遺傳學定律是針對細胞核內等位基因的。