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崇禎十九年關於軍務的大事除了海軍編練與戰船打造外，便是近衛軍第四軍的整編與整訓工作。

黃得功與袁繼咸部的二十余萬大軍除部分補充進近衛軍第一軍、第二軍、第三軍外，還有部分按其自願原則裁撤掉，而裁撤掉的官兵則由兵部統一轉業到地方擔任江南、江北等地擔任基層里正到縣令等官。

而近衛軍第一軍、第二軍、第三軍的部分官兵則調任第四軍充任軍官，第四軍翁正春、李時春等將領和一批中下層軍官則調回南京做大明陸軍中央軍校的學員，接受近代化軍事訓練與熱兵器戰爭指揮訓練。

朱由檢將以前的淮安講武堂重新變革成了大明陸軍中央軍校，且也設在了南京。

而與此同時，周遇吉、劉芳亮、何新甚至是劉肇基、劉希堯、秦邦屏乃至顧炎武、鄭成功、閻應元等軍官都按照朱由檢的旨意，根據歷次利用火器與火炮作戰的經驗開始編練火器與火炮戰陣的作戰指揮課程以及改進建議。

與此同時，劉肇基、劉希堯、劉遷、陳子龍、焦璉等近衛軍第一二三軍的部分副總兵到指揮使武官則充任教官，親自教授翁正淳、李時春等將領。

由御馬監掌印太監兼近衛軍第二軍總兵官何新擔任大明陸軍中央軍校祭酒（校長）一職。

御馬監掌印太監乃內廷里除司禮監掌印與秉筆太監外的第三號人物，也是內廷中軍界最高的官員，擱在外朝就相當於兵部尚書，因而由何新擔任祭酒，也不怕這些學員與教官不服。

教官們都是如今大明新崛起的將星，且剛立下戰勝韃子的大功，其中更有陳子龍這樣的大才子和劉肇基這樣的百戰老將。

即便翁正春和李時春等人既是黃得功與袁繼咸的心腹又立下過大功，倒也不敢對教官不服。

一年的時間里將近衛軍第四軍整訓與整編完畢自然是綽綽有余，等到年底之時，近衛軍第四軍的基層軍官大部分已由近衛軍第一二三軍的官兵充任，而昔日近衛軍第四軍的武官則在大明陸軍中央軍校接受訓練後則調任到近衛軍第一二三軍擔任軍官。

這樣一來，黃得功與袁繼咸的近衛軍第四軍已全部脫胎為朱由檢的大元帥府可直接控制的朝廷兵馬，而不再是黃得功與袁繼咸的私兵。

在崇禎十九年年初，沒有被朱由檢直接控制的軍隊則只有黃得功與袁繼咸的近衛軍第四軍以及滅虜軍和高傑的近衛軍第五軍。

朱由檢沒有打算一開始將這三支兵馬全部進行整編，這樣容易一下子激起大變，高傑與滅虜軍的各部將領可以接受招撫，接受整編而導致失去軍權自然是不願意的。

因而崇禎朱由檢只先對黃得功與袁繼咸的近衛軍第四軍進行了整編。

黃得功與袁繼咸都是從大明的元老級官員，對於朱由檢控制軍權沒有意見，也沒有失去軍權的後顧之憂，更何況他們也知道如今作為皇帝的朱由檢自己手握有大明戰斗力最強的陸軍，他們自然也不敢再違背聖意。

再加上兩人也不是有野心的人。

整編近衛軍第四軍的進程畢竟順利，等到崇禎十九年底，崇禎朱由檢的大元帥府便控制有六個具備近代陸軍規格的集團軍。