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朱由檢現在已經不再相信樊一蘅與王應熊這兩個文官的軍事才能。

因而，他也只能把這兩個文官調離雲貴，省得他們以自己一個是總督一個是大學士的高官之位干預戰事。

而且錦衣衛的奏報里也不止一次提到過樊一蘅與王應熊的瞎指揮導致曾英與楊展失去多次殲敵機會的事。

但調離樊一蘅與王應熊之後，朱由檢還是得選一個能統籌諸方兵馬的統帥才行。

朱由檢本來屬意秦良玉，畢竟秦良玉在西南威望極高，文武官員乃至西南各處土司都對其極為尊敬。

由秦良玉掛帥統領雲南、貴州、廣西、湖廣、廣東等戰事自然是最好。

但現在秦良玉已經年邁，朱由檢也不想讓她再奔波勞累，便只得退而求其次選擇馬士英這個兵部尚書兼武英殿大學士為督師，統領雲南、貴州、四川、廣西、湖廣、廣東六省軍政。

馬士英統籌各方力量與協調關系甚至是後方安排都行，但在戰術指揮上也還是有些不及，朱由檢便決定讓李岩以兵部左侍郎兼領雲貴總督的身份協助馬士英針對張獻忠攻略雲貴的戰事。

李岩在軍事戰略指揮上無論是實戰經驗還是個人天賦皆長於馬士英，而且李岩在農民軍中待的時間較長，此次參與雲貴戰事的大明主要軍隊便是農民軍出身的滅虜軍、近衛軍高傑部等，而敵軍張獻忠部也是農民軍出身。

所以，李岩這種應該算是比較了解農民軍的官員協助馬士英在戰術指揮上可以做到知己知彼，在統籌內部力量上可以讓高傑部與滅虜軍和官軍更好的相處。

除此之外，李岩與馬士英如今也算是在兵部共事兩年的同僚，彼此的性格脾氣也磨合得差不多。

不過名義上還是馬士英做最高統帥。

樊一蘅和王應熊作為四川地方武裝，在四川失陷之前或可有用，如今四川已全部淪落入張獻忠之手，朱由檢也就用不著他們在四川地方基礎的控制力去發動群眾抵抗張獻忠。

而讓樊一蘅去兩廣籌集糧草，朱由檢也有自己的考慮。

在他看來，樊一蘅肯定是很希望官軍收復四川的，所以在籌集糧草方面他不可能不盡心。

而王應熊作為崇禎十五年間被罷黜的內閣大學士，如今既然又被重新起用，朱由檢自然也不能輕易將他罷黜，只得調回京城做個顧問，也好讓他這個皇帝能通過王應熊更清晰地了解雲南、貴州、四川這些地方的真正情況。

只不過朱由檢有意裁汰冗政，慎用官位，因而便不能讓王應熊擔任內閣大學士，以後在大明，任內閣大學士者必掌行政實權，而不得過問軍事。