62年5月，進入陝西的太平軍扶王陳得才部聯合捻軍直逼西安。

藍朝柱起義軍也已由四川進入漢中，全陝震動。陝西巡撫瑛棨和團練大臣張芾慌忙調集各地團練往南山堵御太平軍。

太平軍入陝，當年5月，訓導趙權中所屬團練中的數百名回勇，不願和太平軍作戰，殺死帶隊官避居城外秦家村，將秦家村及附近回民村庄搶劫一空，又四處散發「陝西不留回民，天意滅回」的傳帖。

華州回民首先起義，渭河兩岸的回民爭相響應，未經旬日，各處回民俱行激變。從此，聲勢浩大的陝西回民起義迅速發展起來。

面對迅速發展的回民起義，以巡撫瑛棨為首的陝西文武官員「籌剿無兵」，「不能不暫行撫慰」，派遣官紳分赴各地安撫。張芾等在臨潼油坊街和回民談判時，回民甚為氣憤，將他押往倉頭鎮處死。

回民起義的烽火迅速遍及八百里秦川，起義隊伍擴大至二十余萬。當時陝西回軍主要首領除任武、洪興、赫明堂外，還有馬正和、馬四元、白彥虎、馬生彥、禹得彥、余彥祿、孫玉寶、二河州等。其中有的是富甲一方的地主、商人和阿訇等上層分子，起義軍的領導權掌握在他們手中。

陝西回民起義的迅速發展，嚴重威脅到清王朝在西北的統治。清廷急令荊州將軍多隆阿率軍入陝，6年月中，多隆阿率部由河南入陝，連同勝保諸部，共有兵二萬余人。

9月初，多隆阿到達西安，施展招撫伎倆，派人到回民起義軍中誘降仙壺農庄。利用西安城中的回紳頻繁的在回民軍首領中進行招撫活動，孫玉寶等向清軍投降。

白彥虎、馬生彥、禹得彥、余彥祿率部向西北經醴泉、乾州退至邠州。其後，回民起義軍大部退至隴東的董志原。其他回民軍也在赫明堂等率領下，經武功、郿縣、鳳翔、隴州進入甘肅東部地區。從此，陝甘回民起義的中心由陝西轉到甘肅。

大清統治者驚呼：「現在甘肅之平涼、靜寧、隆德、安定，省南之鞏昌、秦州、伏羌、清水，省北之寧夏、平羅、靈州、固原，莫不揭竿而起，蜂屯蟻聚，滋蔓難圖，綿延地方數千里」。

多隆阿准備由秦度隴，鎮壓甘肅回民起義。他為了解除西征時的後顧之憂，企圖迅速攻下由藍朝柱起義軍固守的陝西盩厔。月0日，多隆阿在親自指揮攻城時為起義軍擊傷頭部，不久死去。清軍喪失了主帥，不能銳意西進。

64年5月、6月間，清王朝調福建水師提督楊岳斌充任陝甘總督「專討」甘肅回民軍。

同年7月太平天國天京陷落後，大清把鎮壓太平軍的清軍抽調到西北來鎮壓回民起義軍，以致「甘省一隅之地，而統兵大員專折言事者，已至八員之多」，兵勇則達七八萬人。

但這些統兵將領派系不一，各自為政，意見分歧，且他們深恐與回民軍硬拚，勝敗難保，「不如擊之使走，捷報頻聞，可為幸功邀賞之地」。

所以清軍雖曾攻陷回民軍占領的固原、鹽茶廳、平涼等地，而起義軍的實力卻未受到大的損失。陝西、甘肅回民軍互相配合，采用避實趨虛、飄忽靡常的游動戰法，仍打了不少勝仗。

回民起義軍不斷向清軍進攻，使其文報梗塞，糧餉奇絀，省城蘭州處於孤立地位。清王朝在甘肅的統治力量處於風雨飄搖之中。

以致陝甘總督楊岳斌在奏折中哀嘆：「現在河狄之賊擾於南，平固之賊擾於東，寧靈之賊擾於北，涼肅之賊擾於西，幾於剿不勝剿，防不勝防。臣若株守省垣，則飢軍終虞坐困；若出省剿辦，則根本時虞動搖。外察賦勢，內度兵力，實屬不敷分撥。」

同年月，捻軍首領張宗禹按照「前進甘陝，連結回眾」，以成犄角之勢的戰略思想，率西捻軍三萬余眾自河南進入陝西華陰、渭南境內。清廷害怕回民軍與西捻軍聯合，急令湘軍援陝。

提督劉松山統老湘軍十八營由河南前往，一面奏調防守中衛的穆圖善部移駐甘陝交界的涇州，防止回捻合勢，一面率三十營清軍從陝西西部的隴州、邠州一帶東下，專力攻捻。

回民軍與西捻軍雖然各自為戰，但仍時離時合，在一定程度上起到了戰略上相互配合的作用。

甘肅回民軍在不斷發展的過程中，逐漸形成了四個反清斗爭中心：

一個是馬化龍領導的以金積堡為中心，包括寧夏府和隴東在內的起義地區。

一個是馬占鰲領導的以河州為中心的回、撒拉、東鄉族起義地區。

一個是先後由馬文義、馬桂源和馬本源領導的以西寧為中心的起義地區。

一個是馬文祿領導的以肅州為中心的起義地區。

隴東的董志原，則是陝西回民軍的根據地。

由於陝甘總督楊岳斌對鎮壓陝甘回民起義束手無策，大清調派閩浙總督左宗棠接任陝甘總督。

67年月，左宗棠從福州取道江西到達漢口，隨即進行各項准備工作。2月，清廷又授左宗棠為欽差大臣，催其迅速北上，督辦陝甘軍務。