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傳統的發酵技術原料必須要用糞便，在用料時有一定的局限性，畢竟是農村，糞便的來源非常狹窄，除了當地村民的排泄物以外，就只有牲畜的排泄物，牲畜的排泄物難以收集，一旦村民的排泄物不夠用時，就沒有了糞便這種原料，很容易造成供氣不足，長時間內得不到沼氣。

同時，利用糞便發酵，非常容易「結殼」，糞便的成分復雜，漂浮物較多的話，就容易在最上層形成不透氣的殼，由於缺少了氧氣的進入，發酵減緩，同時產生的沼氣也無法出去，這需要經常性的攪拌發酵池，但農村對發酵池的管理和服務非常不到位，這個過程很難有地方完善做到，這是沼氣在農村發展緩慢的重要原因。

而沼氣不僅受當地情況限制，還受到環境溫度影響非常大。

通常而言，沼氣都是埋在地下，呈現出密閉狀態，溫度的影響非常大。

在夏季時，溫度較高，發酵反應劇烈，產氣量就大，太多了，村名用不了，所以，必須要及時排氣，但排氣稍不合適就容易漲池，也就是氣壓太大，將封閉池子漲壞，導致漏氣。

而冬季又因為溫度太低，發酵群活性不足，產生不了足夠的沼氣，沼氣工具就不能正常使用，在寒冷的地方尤其如此，造成往往只能使用半年，其余的時候都不方便用。

除此之外，傳統沼氣池必須每天保證進新鮮的料、出料和攪拌才能使用，每年還得把里面的料清空。清理淤積的雜質。管理上很不方便。同時。沼氣池絕大部分是磚砌的，但由於沼氣含有硫化氫，對水泥腐蝕很大，使用時間不長就出現漏氣現象。

而一旦出現漏氣、腐蝕等問題，就需要維修，維修時需要將原料全部清理完才能重新抹灰密封。

有人說了，為什么不用有機玻璃鋼池，這樣密閉性更好。防腐蝕，耐用，但有機玻璃造價昂貴，對農民而言，是一筆很大的開支。況且，傳統沼氣池的修建是一個費工、費時的工程，比如6-10立方米的池子，這是若內比較通用型的型號，土方開挖量在8-13立方米左右，需要一個星期才能完工。至少要養護一個星期才能裝料，前後要一個月才能正常使用。

人力成本。時間成本，資金成本都花了，可一旦用戶搬遷，池子不能帶走，只有選擇廢棄，以目前農村人口遷移的狀態來看，被廢棄的池子絕對不在少數。

而專家們一味鼓吹的，可以經濟循環利用，將發酵過的原料拿來肥沃土壤，那更是空中樓閣一般的理論，要知道，傳統的沼氣池都是采用半連續發酵方式，也就是隔天往池子里倒入新的原料，這會產生什么現象？

這會讓上一批在發酵的原料，由於突然混入了新的原料，以及混入了新的空氣，使得原料發酵不完全、不徹底，這會造成什么？導致最後的發酵原料，成了生熟料混雜，也就是發酵不完全和完全的發酵物混合在一起，而，生料，也就是發酵不完全不徹底的原料，都含著各種病原體，須知，這些原料的主要成分都是人類和牲畜的糞便，蘊含病原體非常多。

把這種含有病原體的肥料拿去種植，長得出好作物才叫奇怪，沒污染土地就不錯了。

這使得沼液、沼渣的綜合利用受到很大影響，與理論上的良性循環，完全是兩碼事。

所以，現有農村沼氣都有「一年好，二年漏，三年棄」的說法，說的就是沼氣池弊端太大，許多改造過的村庄，在經過幾年的抱怨之後，又都回到了原始的燒柴禾行列，沼氣池被他們丟棄在一邊，徹底的廢棄。

前期政府的補貼，農民自己的投入，全部打了水漂，連本都沒撈回來，這就是全國都在提倡的農村沼氣建設的實踐情況。

當然，也不排除有管理和服務比較完善的地方，加上那些地方一年四季溫度穩定，沼氣建設非常有效率，但那只是少部分地方，絕大部分地方並沒有理論上那般有前景。