義和團進入內城當天，就燒毀孝順胡同亞斯立堂、雙旗竿（今外交部街西口外）倫敦會、八面槽（王府井）天主教東堂、燈市口公理會、東四五條西口的美國福音堂、交道口二條長老會、鼓樓西鴉兒胡同長老會、西直門內天主教西堂、西四羊肉胡同基督教堂、石駙馬橋安立甘會、宣武門內天主教南堂共11所教堂。有3200名天主教徒逃入有42名法兵占據的天主教北堂，2000多名基督教徒逃入東交民巷的使館區。拳民在北京放火燒掉教堂和一切與洋人有關的事物。

而山東發生的一件事件，更讓中國人和洋人的關系徹底惡化。事情是這樣的：四個德國人有一天閑逛山東德州，進了一間孔廟，他們惡作劇般地對待廟里的泥塑的孔子像，把這個泥人的眼睛戳成了兩個洞，又弄斷了泥像的一根胳膊。這件事被梁啟超知道了，認為洋人侮辱中國的孔教，便寫了一篇《聖像被毀，聖教可憂，乞飭駐使責問德廷，嚴辦以保聖教呈》的文章，在報紙上發表。在文章當中，梁啟超指出，德國人「滅我聖教」的舉動，實際上是對泱泱中華的試探，如果不挺身而出的話，孔教亡而國也將隨之而亡。

當時中國的讀書人和鄉紳都是很有骨氣的，對儒家那是當宗教一樣信仰的，梁啟超的文章引起了社會各界的普遍共鳴。朝廷都察院門前又出現了公車填塞的現象，幾天之內，很多舉子上書給朝廷，要求嚴懲洋人，整個社會迅速仇視洋人。

不久，前門一帶約千家商鋪，因老德記西葯房的大火而被燒成廢墟，正陽門樓、北京24家鑄銀廠也遭燒毀。拳民以此為借口，開始四處破壞教堂攻擊教民，庄王府前大院被當成集體大屠殺的刑場。除了屠殺教民外，義和團更濫殺無辜，誣指許多市民為白蓮教而燒死戮死，如據當時目擊者記載：「鄉民適趨市集，七十余人悉縶以來；偽飾優伶冠服兒童戲物，指為白蓮教；下刑部一夕，未訊供，駢斬西市。有婦人寧家，亦陷其中，雜誅之，兒猶在抱也」；也有被公報私仇而殺者，如扶持義和團的庄親王載勛、端郡王載漪的好友副都統神機營翼長慶恆一家大小十三口因被尋仇被全部殺害。而義和團民的不同派別也互相武斗殘殺，義和團及清軍也擄掠洗劫商戶平民，並將贓物公開拍賣。當時的權貴之家也不能幸免，如吏部尚書孫家鼐、大學士徐桐的家都被搶掠，時年快八十的徐桐更被義和團民拖出批斗。

此時的京城，徹底亂了，榮祿的腦子還算清醒，他急忙上奏慈禧，說這樣下去不行，是日慈禧召開御前會議後，一度發出勒令解散拳民的上諭。但是，已經太晚了，烏合之眾一旦被仇恨遮蔽雙眼，就難以再收手了。

於是，北京東交民巷外國使館受到了拳民的猛烈攻擊，拳民們見到了金發碧眼的洋人，就割下他們的頭顱四處游街，讓各國公使心驚膽顫。他們趕忙發電報回國內，要求派兵加強保護。

英國、俄國、法國、美國等迅速從天津派海軍及陸戰隊349人，由英*艦護送登岸，水師提督丁汝昌不敢和英*艦開戰，他們登陸後，乘火車於當晚抵北京。德國、奧匈也派兵83人抵京。

見了洋兵，義和拳拳民更加憤怒，挖斷了電纜，北京使館對外通訊斷絕。各國駐天津領事及海軍將領召開會議後，決定組成聯軍，由英國海軍中將愛德華·西摩爾率領。北京東交民巷各使館前還築起軍事防御工事，由英國全權公使竇納樂負責指揮抵抗。使館區內被圍者約三千人，當中二千人為尋求保護之華人，外國男性400人，女性147人，兒童76人。保護使館的包括409名外國水兵及陸戰隊員，配備三支機關槍及四門小火炮。使館內有足夠水井及糧食。英使館內更有小馬150匹可供食用。

西摩爾剛開始率領之聯軍二千余人，從大沽出發，經天津向北京推進。團民拆毀了天津到北京的鐵路，又設下埋伏，在廊坊和楊村之間包圍聯軍。數千團民及二千名清軍在廊坊襲擊聯軍，聯軍死傷近四百人，只得就地防守。

德國公使克林德率士兵出外尋釁，見拳民即毫不遲疑下令開槍，打死約20人。後來，克林德代表各國前往總理衙門要求保護，途中被清軍士兵伏擊殺死。各國決定加派一萬聯軍殺進京城解救各國公使，這時候，端王還給慈禧上假奏折，雲洋人出兵是為了逼她歸政光緒帝。慈禧太後命載勛任步軍統領九門提督，會剛毅、載漪、載濂、載瀾等親貴統領義和團。她還以光緒帝的名義，向英國、美國、法國、德國、俄國、荷蘭國等十一國同時宣戰；同時，還懸賞捕殺洋人：「殺一洋人賞五十兩、洋婦四十兩、洋孩三十兩」。

端王還趁著京城大亂，率拳民六十多人奔瀛台，欲弒殺光緒帝，慈禧太後知道後，轉移了光緒皇帝。

此時，洋人增援的一萬聯軍逼近天津，打散了拳民和清軍，和西摩爾的兩千多聯軍會師，殺往京城。慈禧太後急命榮祿為兵部尚書，領兵十萬，到天津狙擊七國聯軍，並節制北洋水師。她還讓軍機處傳旨，令在任兩廣總督的李鴻章、以及山東巡撫李經述速帶兵入京勤王。

李經述收到軍機處的電報後，榮祿知道自己這十萬清軍根本打不過列強的聯軍，可戰之兵只有李經述的北洋新軍，急令李經述調新兵到天津駐防，並指揮北洋水師狙擊聯軍的艦隊。

李經述率軍趕到了天津，與譚嗣同、袁世凱、段祺瑞、劉步蟾、鄧世昌等人密議，他們一致認為，這是一個推翻滿清王朝的絕佳機會！李經述覺得，徹底扭轉歷史車輪，開辟新時代的機會到了，於是給李鴻章發電報：「義和拳民雖扛著愛國的旗幟，但卻干土匪一樣罪惡的勾當，加上被險惡用心的端王和慈禧太後利用，給國家釀成巨禍。朝廷潰爛，百姓遭殃，父親宜做好准備，力挽狂瀾，肩上擔起中國更重的擔子！」

此時，慈禧太後已經向列強宣戰，發了宣戰書，號召天下四萬萬中國人向洋人死戰：「我朝二百數年，深仁厚澤。凡遠人來中國者，列祖列宗罔不待以懷柔。迨道光、咸豐年間，俯准彼等互市，並乞在我國傳教……人人忠憤，曠代無所。朕今涕泣以告先廟。抗慨以示師徒，與其苟且圖存。貽羞萬古。孰若大張韃伐，一決雌雄。無論我國忠信甲胄，禮義干櫓，人人敢死，即土地廣有二十餘省，人民多至四百餘兆。其有同仇敵愾，陷陣沖鋒。爾普天臣庶，其各懷忠義之心，共洩神人之憤！

這份宣戰的電報發到各省督撫，引起軒然大波。李鴻章接到電報，大呼端王愚蠢，他第一個表態，馬上覆電朝廷：「此亂命也，粵不奉詔」。李鴻章未向北京派一兵一卒。

兩江總督劉坤一接到朝廷跟列強開戰的電報，也不發兵，對前來拜訪的英國駐南京領事孫德雅道：「慈禧太後的政府已經完了，她已經不能繼續維持帝國秩序！」

兩江總督劉坤一隨即和湖廣總督張之洞、閩浙總督許應騤、浙江巡撫劉樹棠、安徽巡撫王之春等人電報商議，對西洋各國宣布東南各省獨立，保境安民，不執行慈禧太後和洋人開戰的詔令。而且一旦北京不保，就共同推舉李鴻章出任中國第一任大總統，主持大局。

而「東南互保」，對清廷來說無疑是一種變相獨立。李經述一邊命北洋水師副提督琅威理去和愛德華·西摩爾率領的聯軍談判，一邊致電李鴻章，請他立即北上天津主持大局，必要時可以接受劉坤一等人的建議，擔任中國的第一任大總統。李經述認為，推翻滿清、改變歷史的時機，終於到了！！