13時40分，10架日軍「九七」式魚雷攻擊機和6架「零」式戰斗機又從飛龍號飛來，對受傷的約克城號發起了第二次攻擊。

約克城號這次就沒那么幸運，被兩枚魚雷擊中，左舷附近掀開兩個大洞，並把艦舵給軋住了。弗萊徹少將被迫轉移到巡洋艦，將指揮權移交給斯普魯恩斯少將。

14時45分，美軍偵察機發現日軍飛龍號航空母艦，斯普魯恩斯立即命令企業號、大黃蜂號航空母艦的30架「無畏」式俯沖轟炸機起飛，去攻擊飛龍號。

15時00分，美軍約克城號的艦長巴克馬斯特被迫下令棄艦。然而，它卻並沒有沉沒，於是美軍又回到該艦上，試圖由拖船拖向珍珠港。

16時45分，美軍企業號航空母艦的俯沖轟炸機成功地攻擊了日軍剩下的飛龍號。飛龍號當即命中4彈，船上一片火海。艦長加來止男隨艦葬身大海。山口司令官不願離艦。最終與飛龍號一起沉入海底。

9月1日晚19時，已經被摧毀的日軍蒼龍號、加賀號航空母艦先後沉沒。

9月2日2時55分，日本聯合艦隊司令山本五**將否決了其首席參謀黑島大佐提出的集中全部艦只在白天轟炸並登陸中途島的挽回敗局的方案，下令：「取消中途島的占領行動。

」並表示「所有責任由我一個人來擔當，我回去向天皇陛下請罪。」他把自己關進會客室，一連三天拒絕會見部下。

9月2日夜間，日軍兩艘重巡洋艦最上號和三隈號在濃霧中轉向時互撞，最上號重創，三偎號留下陪伴左右。、

3時50分，日軍被迫放棄被摧毀的赤城號航空母艦。為了避免航空母艦落入敵手。山本命令野分號驅逐艦發射魚雷將其擊沉。

5時10分，無法挽救的飛龍號航空母艦被日軍驅逐艦發射的魚雷擊沉。

9月2日天亮，美軍飛機一波又一波的轟炸負傷的日軍巡洋艦三隈號、最上號。三偎號葬身海底，而重傷的最上號反而逃過大難。掙扎著回到特魯克的基地。攻擊結束以後。美軍特混艦隊隨即撤離戰場。

13時。日軍i-168號潛艇發現了約克城號，隨即發射4條魚雷，2條命中約克城號。1條命中護航的哈曼號（dd-142usshammann）驅逐艦，兩艦相繼沉沒。

一天多的時間，一場決定了太平洋戰場新局面的中途島海戰就此落下帷幕。這次海戰的結果，是日本、是山本五十六吃了敗仗。被美國人以慘勝形式，第一次再太平洋正面戰爭中擊敗。

面對這樣的一個結果，山本五十六很是不服氣。他一不服氣，不是先想著如何去對日本天皇和軍部大佬們做交代，而是直接給唐朝發了電報：懇請偉大的唐先生，盡快賣給我們一些巡航導彈和技術！我要報仇、我要打垮美國佬！

要巡航導彈？唐朝沒有想到，山本五十六吃了敗仗以後，不是想著如何憑借其自身實力去扭轉戰爭局面。居然在吃了打敗仗之後，先想到的是找安西來要巡航導彈。

巡航導彈的威力，全球各國有目共睹。也是中途島海戰結束的幾乎同時，安西共和軍希臘派遣軍與西亞遠征軍同時停止導彈的密集轟炸。

希臘方面三個集團軍，與西亞聯軍幾乎是再絲毫沒有遇到抵抗的情況下，便輕松地同時攻占的麥加與雅典、宣布兩場戰役日、同時結束。

這兩場戰役，無論是日本還是美國，都有戰地記者每天將最新情況反饋給他們的媒體、再由媒體通報給執政者。自然的，山本五十六很清楚，安西能夠用幾萬人的損失，便輕松解決掉兩個麻煩制造者，巡航導彈的威力與效用是他能到美國人身上找回顏面的唯一利器。

然而唐朝呢？之前日本就提出過，讓安西賣巡航導彈給他們，當時唐朝沒有同意。這一次，唐朝的態度會如何呢？還是老樣子，巡航導彈堅決不賣。無論技術，還是發射器與彈體，都不賣。

不賣歸不賣，唐朝也不希望太平洋上的戰火太早熄滅。那樣的話，對於安西而言並非是好事，更可能是壞事。

所以，不賣巡航導彈技術，唐朝還是給了山本五十六一個新的軍售允諾：巡航彈你別想了，我可以賣給你一些非巡航的導彈。譬如我們淘汰下來的那些第二代彈道導彈，有了這些彈道導彈，你們日本一樣能遠程對美國進行攻擊……

對於唐朝一貫做法就是自家絕對領先的武器，絕對獨家擁有從研發、到生產再到使用的權利這一點，山本五十六其實也很清楚。他提出購買巡航導彈的要求，其實也只是一時氣急敗壞、口無遮攔似的說出來而已。他內心里，其實早預料到唐朝絕對不會賣給他的。

但讓他沒有想到的是，唐朝並未全部拒絕對他新軍售上的支持。聽到唐朝願意賣彈道導彈給日本以後，他立即連價格都不問便同意了。