再到更後面，民國6年9月12日，臧致平大放光彩，擔任漳汀鎮守使這個職位，這也是他政治生涯極為重要的一步，第二年移駐廈門被提升為福建第二師師長，部隊歸屬皖系李厚基管轄。

民國11年，他更是因為軍人出身，說話做事爽直，看不得一點齷齪，所以大張旗鼓的反對李厚基、陳炯明聯省自治，無奈被削去師長職務。

一氣之下就投靠同為皖系的蘆永祥。在他的支持下，臧致平信心暴漲，便果斷在11月7日晚上發動倒李厚基兵變，果然不出其預料，李厚基兵敗被俘，他也沒把李厚基怎么樣，只是把他驅逐出福建了，然後臧致平自任閩軍總司令。

北洋政府看到他兵力強大，便想利用臧致平替他們賣力，立馬以總統黎元洪的名譽任命臧致平為漳廈護軍使，臧致平經過這么些年也看開了，這個政府就是個軟腳蝦，沒什么卵用，這個世道，只有自己強大才是真的強大，便沒有搭理北洋政府。

民國12年，北洋政府見臧致平鳥不鳥他們，惱羞成怒，於是便想要打壓臧致平的囂張氣焰，便委任直系孫傳芳去福建署理軍事，也是間接限制臧致平的意思，臧致平自然不願意自己辛苦打下的江山拱手與人，便和王永泉聯名上電京城，擺明車馬告訴北洋政府：福建不歡迎你的人。但是北洋政府沒有搭理，蒼鷹又怎么會管螞蟻的抗議呢！所以孫傳芳依舊派下來了，但是當孫傳芳抵達南平的時候，臧致平親自去福州和劉冠雄等人商量怎么阻止他，同調兵北上，聯合王永泉一起抵御孫傳芳，畢竟孫傳芳不是單槍匹馬來的。

但是王永泉不行，畏畏縮縮，甚至還投靠了孫傳芳，臧致平一氣之下在4月17日正式發表通電，反孫獨立。並且4月30日在廈門召集福建各軍將領舉行聯合討伐孫傳芳的軍事會議。同年5月，因許崇智被陳炯明麾下的林虎率軍擊敗，臧致平心中無奈，但是唇亡齒寒，只能率部救援。

誰曾想賴世璜、蘇世安人也戰敗向林虎投降，許崇智又出了新狀況，麾下軍官黃大偉叛變，聯軍這下子腹背受敵，臧致平無可奈何，只能退守廈門，聯軍頓時宣告解體。7月，林虎、王永泉聯合海軍三面襲擊廈門，就在多方受敵的危難之際，臧致平仍然堅持守護廈門，後來在孫中山派許崇智等人率軍援助下，轉危為安。

民國13年2月5日，臧致平知道了日籍浪民准備聯絡王獻巨部武裝襲擊廈門，於是便下令警察收繳日籍浪民所攜帶的槍械武器，雙方發生槍戰，日籍浪民被打死7人。日本駐廈門領事趁機向臧致平提出懲凶賠償，並電召日本軍艦到廈門示威，國力孱弱，只能任小日本在我大中華的海域橫沖直撞，但是臧致平沒有妥協，最終通過協商手段解決此事。

之後孫中山為了鞏固與閩軍、海軍的聯盟，便和臧致平協商將廈門交給海軍管轄，作為條件換取海軍支持孫中山在福建活動，臧致平一向聽從孫中山意見，沒有一絲遲疑就交出廈門。蘆永祥便將他和所轄軍隊編為浙江邊防軍，任命臧致平為邊防訓練處處長。

雖然他積極響應孫中山的主張，追求進步，但是事與願違，不斷遭到孫傳芳、林虎和王永泉等反動軍閥的多面圍攻，只能以失敗告終，最終退隱江蘇常州。抗戰時期，臧致平更是不畏強暴，嚴辭拒絕日本人的邀請，表現出應有的民族氣節和民族大義。