孫中山眼見支持他的人員越來越多，於是自信心爆棚，更在黃埔公園大肆宴請國會議員，商討召開國會問題。但是這個時候有一個尷尬的問題就是大部分國會議員還是站在段祺瑞那邊的，所以來到福建的議員不足法定人數，不過沒關系，反正都是他們說了算，當時決定模仿法國大革命前夕第三等級代表舉行國民議會的先例，召開「國會非常會議」這個理由倒是冠冕堂皇。

立馬這個非常國會舉行開幕，由於大家都急著奪回屬於自己的利益，所以很快就通過了《中華民國軍政府組織大綱》13條，表明他們這個革命軍政府完全是為了保護民國的勝利果實而組建的，堂而皇之在廣州組織起了這個軍政府，下設外交、內務、財政、陸軍、海軍、交通六部，麻雀雖小五臟俱全，可笑這個坐立在兩廣的中華民國軍政府就這樣在開始運作之前劃分好了權力。

並且堂而皇之的說為了適應護法戡亂的戰爭需要，沒有采納《臨臨時約法》規定的內閣制，而采取中華革命黨《革命方略》中提出的黨、政、軍權合一的大元帥制方案，實行軍事、內政、外交合一的元首制，搞笑的是所謂的進步報紙紛紛為他們造勢，鼓吹以孫中山為首的中華革命黨人希望通過護法運動建立本黨單獨執政的資產階級革命政權，為中華人民爭取更美好的明天。

這般作法著實令馮庸反感，雖然北洋政府專制不假，但是段祺瑞等人能做實事呀！至少在他們手上，有力量維護統治區百姓的和平生活，並且北洋政府也是無時無刻不在為國家的強大絞盡腦汁，就比如這次對德宣戰，本意很好，看准時機，准備奪回我國權益，可是以孫中山為首的人呢？是看不懂還是不願懂，什么中華志士，為了爭權奪利，百般阻擋對德宣戰，生怕民國得到英美支持之後會強大起來對他們的日本主子產生威脅？

或者說是怕北洋政府徹底清除他們在民國的一席之地，口口聲聲為了民主、為了共和，可是歐美諸國的共和無一不是建立在國民利益之上，他們的共和為了什么，為了代表中國那頂部最有錢的那些人——大資產階級還有那些野心家，為了用國家機器獲得更多利益，呵呵！真正的資產階級是那些在全國各地興辦企業的那些人，那群把振興民族企業放在第一位的人，真正的共和的前提是讓百姓吃飽飯，過上好生活。本來人家還能吃口飯，雖然日子艱難了一些，但也是一家人平安，可是他們這群所謂的革命斗士一來，如同一根巨大的攪屎棍，把他們那種平頭小民的生活打破了就算了，他們的民軍比起北洋軍閥還厲害，搶光、殺光、奸光！都趕得上二戰的日本人了，果然是一個主子教出來的。

9月1日非常國會選舉孫中山為海陸軍大元帥，陸榮廷和唐繼堯為元帥。10日，孫中山宣誓就職。同日，非常國會通過了軍政府各部總長名單，外交：伍廷芳，財政:唐紹儀，陸軍：張開儒，海軍：程璧光，內政：孫洪伊，交通：胡漢民，軍政府參謀總長：李烈鈞，大元帥府秘書長：章太炎。這種人事安排或許體現了中華革命黨人主動與西南實力派以及國民黨穩健派合組護法軍政府的願望。