1641年一月，李自成集結了數萬農民軍攻打河南汝州。但他並未能像原本的歷史上一樣順利攻克目標，因為在這里等待他和他的部下的是從北方邊關秘密調回中原的關寧鐵騎。

五千作戰經驗豐富且裝備精良的騎兵在凌晨時分出擊，一舉踏破了農民軍的大營，李自成部沒來得及組織抵抗便已被擊潰，在關寧鐵騎沖擊之下死傷無數。

倉促應戰的李自成沒能像過去幾年那樣成功逃脫，在汝州外圍還有數萬明軍圍追堵截，最終李自成在距離汝州二十里的某處山溝里被明軍追上，他自知絕無幸理，頑抗不降，與手下一眾死士全部死於亂箭之下。李自成麾下的頭目也大多在這場突襲中被殺，他所組建的農民軍在幾日後便作鳥獸散，自此未有東山再起的機會。

幾乎與此同時，另一路農民軍的頭領張獻忠在西南腹地的夔州開縣被官軍堵截，兵部尚書楊嗣昌親自坐鎮附近的雲陽縣指揮圍剿。

楊嗣昌為了這一戰提前調集了貴州思南府、銅仁府，四川保寧府、夔州府、順慶府、重慶府，陝西漢中府，湖北荊州府、襄陽府等地的數萬兵馬，務求畢其功於一役。而實際情況也正如他所願，張獻忠部被困在了開縣的山林中，雖嘗試多次突圍，均因兵力懸殊而告失敗。

二月下旬，隨著包圍圈的一步步收緊，張獻忠部的活動范圍越來越小，人馬也在不斷的小規模交戰中消耗過半，最終其部下在夜間起事叛變，砍了張獻忠及其幕僚親信的腦袋，向明軍請降了。

自此禍亂大明國內多年的兩支主要農民軍均告覆滅，讓崇禎牽腸掛肚的農民軍內亂也終於算是告一段落了。

海漢在大明處理內亂的過程中並未直接參與，但出售給大明兵部的數千支火槍和二百余門火炮卻是在這兩場大戰中起到了明顯的作用。農民軍的沖殺方式對於訓練有素的火器部隊來說就等同於送死而已，只要天氣晴好、地勢開闊、彈葯充足這三個條件都得到滿足，明軍火器部隊對上農民軍的勝率基本上就是百分之百。

雖然總算解決了心頭之患，但大明的氣運卻似乎並未因此就立刻得到好轉。當年夏天，大明山東、河南、浙江、湖廣等地出現大面積旱情，隨後又爆發了蝗災。而山東已經是連續第三年出現重大災情，絕大部分州府都被卷入其中。官府無力賑濟這么多的地方，導致大量民眾外逃求生。海漢所控制的登州福山縣和浙江寧波因為有比較完善的安置機構和措施，都成為了難民爭相涌入的地區。

登州許多地方官府在這一輪大災中陷入失控狀態，陳一鑫借此機會，開始將福山縣附近的牟平、文登、榮成、乳山、海陽、棲霞、萊陽、招遠等地逐步納入治下，登州境內由大明直接控制的區域僅剩登州城和臨近的黃縣，大明對登州的統治開始變得名存實亡。