錢天敦對此也持比較慎重的態度：「這里島嶼眾多，我們對澎湖附近的海域又不熟悉，打夜戰太冒險了，也沒有冒這個風險的必要。還是先緩一緩，等明天再讓艦隊清理附近海域。」
兩名同僚都建議穩重應對，王湯姆也不會堅持冒險作戰，當下便通過電台通知另外兩支艦隊，讓他們收攏隊伍，開始對馬公港碼頭進行清理。同時派船通知福建水師，讓他們派船往南北兩個方向沿海岸線進行搜索，看看澎湖島沿岸是否還有尚未來得及撤離的海盜船隊。
在意識到大勢已去之後，滯留在馬公港未能來得及撤離的數千人沒有再進行無謂的抵抗，大約三分之一的人選擇了就地投降，剩下的人則是抱著僥幸心理撤向了內陸，指望敵人對澎湖的攻打只是短期行為，打完這一波之後就會撤回大陸。
顏楚傑也沒有急於讓部隊連夜進行搜捕，而是在馬公港劃定了駐扎區，讓運兵船和貨船能偶盡快入港停靠。這次的聯合行動，海漢與福建軍方總共投入了近萬作戰人員，還動員了幾乎數目相當的民夫負責後勤輜重。不過開戰之前的種種擔心，現在看來都已經不會出現了，十八芝接連駛出丟車保帥的招數，已經表明了他們沒有打算在澎湖島上再組織像樣的抵抗。這樣一來聯軍要實現占領澎湖的作戰意圖就十分輕松了，只要逐島進行清理就行。
在軍官們上岸享用晚餐的時候，福建水師送來了另一個消息，根據之前海戰所俘獲的海盜交代，下午在海上交手的第二波海盜船是由十八芝首領之一的鄭芝莞指揮，而鄭芝莞本人的坐船已經在交戰中被海漢艦隊用火炮擊沉，估計是不太可能生還了。至此十八芝的首領中已經有三人戰死，三人被擒，這個戰果已經足以讓福建官府對朝廷和兵部都有所交代了。
入夜之後，許心素為首的福建軍方高層也全部在馬公港登陸上岸，與海漢指揮人員磋商接下來的行動安排。
「明天我們會派出兩支艦隊繼續往北進行追擊，杜絕十八芝回頭的可能。」顏楚傑言簡意賅地說道：「另外希望明軍能夠配合我們對島上展開地毯式的搜索，把可能隱匿在島上的海盜殘余分子清理干凈。」
「顏將軍放心，雖然水師在海戰中出不了多大的力，但在島上搜捕海盜一事，本官定會親自督辦，務求將殘敵一網打盡！」許心素立刻拍著胸脯表了態。
盡管雙方這次是用混編的方式組織了聯合艦隊，但真正開打的時候，也只有幾艘從海漢購買的新式戰船在一線參與了戰斗，而明軍水師的其他船只都只是在外圍控場撿漏。許心素出錢出力，也是抱著鍛煉自己親軍的念頭，不過十八芝主力都已經逃了，接下來顯然沒什么大仗可以練兵了，也只能把這搜島的差事當作主要任務了。
當天晚上，又陸續有人趕到馬公港的聯軍駐地投誠，其中還夾雜著好幾個福建官府安插在澎湖這邊的探子。根據這些人所提供的情報，聯軍指揮部基本可以確定十八芝的主力已經撤離了澎湖，乘船北上前往琉球的某處島嶼。而目前仍然滯留在澎湖列島上的十八芝人員，至少還有四五千人之多。不過剩下這些人里面已經沒有多少窮凶極惡之徒，在缺乏組織的情況下也難以再有什么的像樣的抵抗出現了。
5月2日凌晨，石迪文和羅傑各自率領艦隊駛離了馬公港，他們的任務是向北追擊十八芝的船隊，確保他們不會再半路殺個回馬槍。但因為已經過去了一夜時間，十八芝的船隊至少已經逃出去五六十海里遠，饒是海漢艦隊的航速較快，想要在短時間內追上十八芝的船隊也不太現實了。因此王湯姆給他們下達的任務並不是死追不放，而是劃定了一段距離，到了這個距離就選擇折返回來，不以殺傷敵人為目標。而明軍水師則是負責清剿澎湖列島中的周邊小島，聯軍指揮部認為這種低烈度的作戰任務也正好適合他們的戰斗力水平。
船隊出發之後，陸軍協同明軍也開始向東進發，對澎湖島進行清理。十八芝的主要據點就離馬公港僅僅數里之遙，數百名頑固分子占據了這個由荷蘭人在其占領時期修築的小型城堡，並且試圖通過使用土炮鳥銃等武器來負隅頑抗。不過在海漢陸軍拖出四門12磅炮把城堡大門轟了個稀爛之後，里面的海盜立刻便選擇了投降。
城堡內的狀況跟昨天的馬公港一樣混亂，到處都是十八芝在撤離時扔下的各種物品，但部隊搜查之後並沒有找到什么特別有價值的東西。根據俘虜的交代，城堡內剩下不多的糧食，在昨天的混亂中已經被瓜分干凈了。至於牆頭上架設的土炮火銃，其實大部分都是已經報廢的樣子貨，根本就打不響，這也讓先前以為遇到硬骨頭准備要打一場的民團陸軍有些泄氣。
畢竟海軍多少還打了兩場仗，再不濟已經有戰功墊底了。而陸軍從昨天登陸以來，卻連一場像樣的交戰都沒有，好不容易碰到個堡壘有人據守，結果放了兩輪炮就投降了。這么打下去陸軍只怕是一點軍功都撈不到了，而軍官們開戰之前大肆嘲笑海軍只能當運輸隊的話還歷歷在目，此時卻是被打臉打得啪啪作響了。
高橋南在第一時間就從俘虜中隨機挑選了二十人，押到旁邊分作兩隊進行審問。他要知道島上哪里還有海盜的據點，以便能夠盡快趕去剿殺。要是動作慢了被明軍搶在了前面，那他可是真沒臉向錢天敦交代了。
在當著俘虜們的面接連砍了三個不肯合作者的腦袋之後，剩下的俘虜都被嚇得不輕，恨不得能把祖宗十八代的族譜都背出來。高橋南也並不擔心自己的做法會被舉告，他的這種方法簡單粗暴但極其有效，當初在安南打仗的時候就曾經多次依靠這種手段獲取了重要情報，軍方高層也就一直很放任他用比較暴力血腥的手段來獲取戰時情報。畢竟在戰場上只問戰果，不問過程，沒人會在乎敵人的死亡率有多高。