至於負責後勤的特工路易斯，他原本就不是跟岡薩雷斯走的很近，科爾森這邊的一切抖露出來之後，他這個人也顯得更加的中立起來，很少參與到雙方的爭執，更多的是就事論事。

而當索科維亞事件最後落下帷幕的時候，神盾局的內部事務也到了必須解決的時候，不論是真神盾局，還是新神盾局都不應該再度存在，在這個世界上只能有一個神盾局發出聲音。

科爾森率先提出了要統一神盾局，盡管之前發生了那么多的事情，但科爾森坦陳自己也有錯誤，他提出由自己擔任神盾局的局長，而岡薩雷斯擔任神盾局的顧問，這樣他們既有非常隱秘的基地，又有一艘空天母艦。

雙方相互之間的職責並沒有太大的改變，只有托馬斯·韋弗和芭芭拉的職責進行了調整。

托馬斯·韋弗因為要重建神盾學院一事，她的重心由空天母艦上轉移到了地面上，而芭芭拉則是空天母艦上擔任更多的職責。不僅是芭芭拉，神盾基地里面的許多人都要遷入空天母艦來任職，畢竟就這么一艘可以容納上萬人的空天母艦來說，現在他上面的人手太少了，讓空天母艦無法發揮出最大的威力。

而在經過商議後，他們將目標鎖定在了異人族的身上，他們無法忍受一個神秘強大的勢力在暗中窺伺。

斯凱還是太過天真，她根本就不知道科爾森和岡薩雷斯已經聯手絕對對付異人族了，她只是一直守護著林肯，過了近半個月之後，他才蘇醒了過來。

然而醒過來之後，林肯卻是出人意料的生氣，因為他清楚的知道，當神盾局得知異人族的存在之後，會十分危險，他們必然會對異人族采取攻擊。

斯凱卻是對這件事情保持樂觀，異人族又沒有危害到人類，神盾局沒有理由主動去攻擊他們的。

但斯凱並不清楚，現在的神盾局已經不是之前的縮手縮腳的神盾局了，擁有了空天母艦的他們，再度恢復了尼克·弗瑞擔任神盾局長的霸道作風，他們需要為神盾局的重新現世建立立威。

進攻異人族是岡薩雷斯提出的，但是科爾森卻沒有表示反對，異人族的存在讓他很不好的聯系到了克里人的身上，一旦克里人抵達地球，那么這些異人族就會成為克里人攻占地球的先鋒。

同樣，通過瑞娜，異人族同時預示到在未來他們很有可能被消滅，因為一件時而是固態，時而又成為液態的石門，而那件東西就是當初克里人用來制造出來毀滅異人族的東西，當然這些是異人族從古流傳下來的神話。

因為要尋找那件石門，戈登利用自己的空間轉移能力，帶著瑞娜，循著感應，找到了那件石門的位置，而那里正是神盾局存放最機密事物的地方，也就在神盾局空天母艦的深處。

很不幸的是他們被無意間路過的亨特所發現，在找到那件石門的時候又碰到了梅和芭芭拉，好在他們及時的利用空間轉移的能力逃走了，這才沒有被神盾局的人所捕獲。

但這樣一來也驚動了科爾森和岡薩雷斯，這個時候，大家才從岡薩雷斯的嘴里知道了關於那件石門更多的信息。

「當初有機會，我就該毀了它的。」岡薩雷斯通過監控屏幕，緊盯著那件石門，嘆了口氣，然後才對大家說道：「它是近一百年前，在一個挖掘點找到的，其能量特征我們前所未見，沒有人知道它究竟來自於哪個星球，也沒有人知道它究竟有什么用，九頭蛇的人在找它，現在又多了一伙人。」

而對於這個問題，現在神盾局手上就有一個可以了解的途徑，那就是林肯。

科爾森親自出面，希望能夠讓斯凱和林肯配合，交代出關於異人族一切情況，斯凱此時已經清晰的感受到了神盾局對於異人族的惡意，還沒有弄清楚情況，就想要對異人族動手，她對眼前的神盾局感到十分的陌生。

對於科爾森和梅琳達所說的一切，異人族對空天母艦的入侵，兩個人咄咄逼人的態度，斯凱雖然有些猶豫，但是想到林肯對她說的那些話，斯凱再度堅定了起來，並沒有將異人族的情況告知兩人。

然而神盾局並不是沒有後手，他們依靠從九頭蛇那里獲得的能夠追蹤戈登的方法，從戈登自空天母艦離開的時候，便開啟了追蹤，最終查到了「來世」位置，之後，便是大軍壓境，危機在這一刻到來。