崇禎二十年二月，崇禎皇帝一旨令下，明廷開始徹底整改南直隸。

首先裁撤的就是舊有南京六部，明廷將南京吏戶禮工刑兵六部，還有都察院、國子監等一大批與京師相同規格和名號的部院盡數裁撤，並且永不再設。

這道旨意一出，大明自永樂年間施行了兩百余年的兩京制度，便是徹底被廢除，天下由此而是議論紛紛，不少人驚慌失措，覺得又要大亂。

更有人幸災樂禍，覺得這是崇禎皇帝咎由自取，勢必滅亡，然而無論這些人如何去想，明廷上下在南京的整改行動卻仍是如火如荼。

西廠、神武軍，以及各地戍衛兵馬，幾乎都是全數出動，隨處可見巡衛的兵丁和奉旨拿人的番子、差役，旁人無不是敬而遠之。

在這個期間，就連青皮們也是不敢滋事，因為官差對他們再也不會留情，這個節骨眼上被抓到了，幾乎都是難逃死亡的命運。

裁撤這些部院之後，數萬官員沒了官身，自然要聯絡各個階層開始鬧事，但西廠動作很快，僅五品以上官員，在三日之內就抓捕了數百人。

嚴重些的抄家滅門甚至被誅族，請的禍及自身，或被充軍戍邊，或被發為刑役，打散到各地的陵寢之地做免費的苦力勞工。

對待這些曾經的大佬們，底下人也是不會客氣，根本沒有拿他們當人對待，幾日下來，這些往日嬌生慣養的文士們，便是死了大半。

他們的死活並不會對朝廷接下來的行動起到一絲一毫的影響，南京還只是個開始，這場聲勢浩大的抓捕行動，很快就從南京遍及整個南直隸。

無數老舊官員被當街處斬，抄家滅門，可是緊接著又會親皇黨一系的的新官員走馬上任，穩定局勢，對於這些皇帝親自任命的大員，各地官員也是根本不會有任何不遵不敬。

曹化淳借著這次行動，幾乎在南直隸每個州府都設立了西廠分署，東廠各地衙署傳令的叫做飛信，主要是飛馬遞信。

西廠也搞出了一套自己的情報系統，他們管傳令的東西叫做天令，叫的好聽，其實就是各種訓練出來極其聽話的信鴿。

各處官員只要見到西廠番子們青色的衣裳，就會嚇得瑟瑟發抖，在崇禎皇帝的刻意縱容之下，西廠威權隨之日漸旺盛。

不過有馬爌、周經武等人帶兵坐鎮城內，南京內外倒是沒出多大的亂子，與往常不同的只是巡邏衙役多了數倍，到處都能見到明甲執銳的兵丁戍衛城防而已。

既然撤了南京六部和各部院衙門，自然要有新的代替，南都留守司衙門便是應運而生，選址就在原本的鎮守太監府邸。

南都留守司下設三個分部，分管南京內外的軍政、民政和稅收，增設了一批如惠民葯局、施粥廠、南都歷事分局、工事分局、火器分局等一批的功能性衙署。

至於這些衙署的官員，先從原本各部院官員中錄有實績者擇優充任，若是不夠，再由京師統一調派。

除此之外，南京城並不會和其余的府城有任何不同。

同時，明廷取消了南直隸行政區，將舊有南直隸十四個府徹底打散，只保留順天府等三個仍是府的沿革，其余十一個或降為直隸州，或降為散州，地方官員同樣隨之降級。

尤其是曾發生動亂的建武朝廷首都杭州，被直接從府降為散州。

除了戍衛兵士以外，南京內城的巡衛、鎮守工作此後將全部由周經武統帶的神武軍負責，周經武不僅是南京守備，還被任命為留守司軍務分部的主事官員。

南直隸其余州府的處置，用一個字可以概括，那就是拆。