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到一七八零年，哈佛學院已先後建立了神學、數學和自然哲學、醫學等教授講座，學院升格為大學。按照歐洲中世紀大學的傳統，必須擁有三個學院的聯合體，才夠格稱為大學，當時馬薩諸塞州議會竟破格承認哈佛學院升格為大學，這既是厚愛，也是鞭策。哈佛大學繼續抓緊自身建設，一八一六年設立了神學院，一八一七年設立了法學院，加上原有的以文理為主科的哈佛學院，一共有了三個學院，成為名副其實、名正言順的大學了。
十九世紀上半葉，哈佛大學的影響已超出馬薩諸塞之外，及於美國中部和南部。在北美獨立戰爭初年，哈佛學院的基金，連同地產的租金在內，不足一千七百英鎊。戰後的一七九三年，哈佛的基金已超過十八點二萬美元。到了十九紀，由於校友的贊助，哈佛大學的基金穩步上升，一八六九年為二十四點二萬美元，一八六九年為二百二十五萬美元。
在此期間，哈佛大學的課程設置有了較大的變化。年，哈佛大學開設了拉丁文、希臘文、數學（包括天文學）、英文寫作、哲學（包括形而上學、道德和政治）、神學、自然科學，希伯來語和法語兩科由學生任選一科。哈佛大學課程的變化，在很大程度上是由於受德國高等教育改革的影響。在此時期，德國著名教育家威廉.洪堡關於大學教育改革提出了著名的三條原則：獨立性；自由與合作二者統一的原則；教育與研究統一的原則和科學統一的原則。洪堡不僅提出了大學改革的理想，並在他倡辦的柏林大學中付諸實踐，提倡學術自由，教育與科研相結合，柏林大學成為德國新型大學的榜樣。在哈佛大學任教的一些青年教授，曾經留學德國，受到德國大學的影響，他們要求改變英國大學的模式，轉而以德為師，效法德國大學的一套制度。一八二五年，有四位青年教授聯名提出四項改革意見：減少古典文學課程的比重；重視對現代外國文學的研究；設立研究生的學位制度；按照學生的能力分班教學。這四項意見當時未被采納。
一八二九年，昆西出任哈佛大學校長，他大刀闊斧，極力扭轉哈佛大學的方向，大力倡導重視理科的教學。他任職十六年，在哈佛大學辦起了理學院，建立了一座天文台。十八世紀和十九世紀，隨著哈佛大學的發展，學校課程內容范圍擴大了，重點轉換了，自然科學受到了極大重視。一八六九至一九零九年，化學家埃利奧特擔任哈佛大學校長，他任職四十年，把哈佛大學建設成為了一座規模宏大的現代化大學。他使法學院、醫學院獲得了新的活力，並且新建了商業管理學院、牙醫學院、文理學院，注冊學生從一千人上升到三千人，教學人員從四十九名增加到兩百七十八名，學校基金從兩千三百萬萬美元增加到二點二五億美元。
一九零九年一九三零，洛厄爾擔任哈佛大學校長，他重新制定了大學本科生課程計劃，實行課程的集中與分配相結合的制度，以便使學生受到良好的基礎教育。洛厄爾實行的導師制，至今仍被哈佛大學沿用。洛厄爾最突出的貢獻是在哈佛大學實行住宿制度，這一制度的實施使得在大型的綜合大學中，本科生都有一個小型的學院環境，新生入學後的第一年住在哈佛校園內或附近的宿舍中，一年以後，學生們分住在十二幢宿舍樓內，還為少數走讀生設置了第十三幢宿舍樓。每幢宿舍樓內有一位住校教師和一個導師組，指導學生的學習和生活。此外，每幢宿舍樓還設有餐廳、圖書館，在宿舍樓區，經常開展各種有趣的體育、社會和文化活動。而且洛厄爾以身抗擊，保衛哈佛教授穆斯特伯格與拉斯基，導致了這兩位教授安在。近幾屆的幾位校長，科南特，普西，博克和現任校長陸登庭等都對哈佛大學的建設作出了巨大的努力。他們一方面千方百計地提高本科生和研究生的教育質量，同時也盡力發揮哈佛大學作為研究機構的出類拔萃的作用。
科南特一九一九年至一九五三歷任哈佛大學化學系教授、系主任、校長，他在哈佛大學實行校外特別委員會制度，用這個機構來評議學校教師的資格和任期。他還創建了一項普通教育方案，除主修課程以外，向所有本科生提供廣泛的學習領域。一九五三年一九七一年，普西任校長，在他的主持下，哈佛大學進行了美國高等教育史規模最大的募捐活動，為哈佛籌集資金達八點二五億美元，這項活動提高了哈佛大學教師的薪金，擴大了對學生的資助，建立了新的教授職位，充實了教學設備。一九七一年以來，博克擔任校長，他精心處理了高等教育中一些主要問題，包括行政管理、少數民族和婦女受教育的機會以及學術界與工業界之間的技術轉換等問題，博克校長還重新組織了哈佛大學的管理機構，把現代化的管理方法和程序引進到哈佛大學的各個研究生院和各個系科。一九九一年，陸登庭出任第二十六任校長，作為更好地協調各學院和教師關系的一部分，他開創了一個集中的全校范圍的學術計劃，目的是辨別出哈佛最主要和優先的部分。另外，陸登庭還強調大學的責任：優秀的本科教育，大學的門始終向不同經濟階層的人敞開，研究型大學如何適應信息快速增長和嚴重財政約束的時代，在一個自由表達的社會中迎接挑戰。
哈佛法學院哈佛法學院創立於一八一七年，雖然比大學部建校晚幾近兩百年，仍是美國最古老的法學院。傳承著常春藤盟校的盛名，哈佛大學前後曾經栽培過八任美國總統，逾四十位教授或校友曾獲諾貝爾獎，大學部及法學院向來皆列全美排行前三名。與多數美國法學院一樣，哈佛法學院提供三個主要的學位學程，jd、ll.m.以及s.j.d.。此三學程雖各有不同的入學資格及學位條件，但在法學院每年提供的二十五門左右的課程或小班討論課中，不同學程的學生混雜一起上課。至於非學位的部分，除了來自全球各地的訪問研究之外，尚有例行短期課程，包括xxx研究、回教法研究、國際稅法研究、協商研究、律師實務課程等。