編輯本段吳山廟暴動長征開始後，聶鶴亭擔任紅一軍團第一師參謀長作為左翼部隊掩護軍委縱隊前進，在湘西連續突破敵人四道封鎖線。一九三五年一月紅軍進入貴州〖中〗央決定強渡烏江，占領遵義，渡江任務由第一師擔任，聶鶴亭奉命率一團（團長楊得志）為先遣隊，頂風冒雪，組織十多名勇士強渡成功，保證後續部隊安全渡江。一九三五年五月，紅一方面軍改為西方野戰軍，聶任參謀長，參加了三邊、定邊、臨地、曲子、環縣等戰斗，為擴大陝甘寧根據地作出了貢獻。長征中，聶鶴亭身經百戰，而很少有人知道，他第一次帶兵上戰場是在合肥地區的吳山廟暴動。
一九二六年，聶鶴亭與共產黨員鄭鼎（李雲鶴）同行，順利地來到上海，通過秘密交通員找到了黨組織的一位負責人高語罕。高語罕詳細地向他們介紹了當前大〖革〗命的發展形勢，委派他們回安徽去，協助蔡曉舟等同志在合肥北鄉吳山廟一帶發動反軍閥統治的武裝暴動，以策應國民〖革〗命軍即將開始的北伐。
吳山廟今屬長豐縣吳山鎮，位於合肥西北三十多公里的江淮丘陵地帶。鄭鼎、聶鶴亭找到了負責人共產黨員蔡曉舟和國民黨左派人士許習庸，共同研究了暴動的步驟和每一個細節。
一九二六年十一月十二日，吳山廟暴動開始了。在吳山廟的小營盤，安徽討賊軍第四路司令部正式宣告成立。由蔡曉舟任討賊軍司令，鄭鼎為政治指導員，許習庸為副司令，李雨村為總參議。聶的亭擔任了討賊軍的參謀長。在暴動的領導者中，只有聶鶴亭受過正規的軍事訓練，所以暴動的軍事計劃正要由他策劃，部隊行動也由他組織實施。他肩上的擔子很重，十一月二十三日凌晨，討賊軍整裝向合肥進發。
部隊行至十公里外的四十埠時，與劉鳳圖所率敵軍遭遇。蔡曉舟叫來聶鶴亭，要他組織部隊堅決抗擊敵軍。聶鶴亭是第一次上戰場。
起初，他聽見震耳欲聾的槍炮聲也有些慌張，但很快就鎮定下來，行使起了參謀長的職權。他運用在江西學兵連學到的軍事知識，細心觀察了戰場的地形，隨後布置部隊就近占領有利地形，反擊敵軍的進攻。
敵軍人數比討賊軍多出十倍以上，武器裝備更占絕對優勢。討賊軍戰士每人只有幾發子彈，全靠高昂的士氣與敵軍相峙。討賊軍得以憑劣勢兵力和少量子彈堅持到黃昏。當夜，司令部召開了緊急會議，認為目前敵我力量過於懸殊，暫時無望取勝。
他們決定將部隊化整為零，等待有利時機，再圖大舉。
吳山廟暴動雖然失敗了，但這次暴動策應了國民〖革〗命軍北伐，震懾了安徽的反動軍閥，鼓舞了安微人民斗爭的勇氣，因此仍有一定的歷史意義。對聶鶴亭來說，這次暴動是他第一次帶兵，第一次當參謀長，第一次上戰場打仗，在他的軍事生涯中占有相當重要的位置。
十年後，當美國記者埃德加斯諾采訪長征到達西北的聶鶴亭時，聶鶴亭詳細回顧了吳山廟暴動的經過，還分析了暴動失敗的原因…
缺乏經驗，未能教育和訓練好士兵，不知道如何發展與人民的關系和獲得廣泛的支持。斯諾將聶鶴亭的談話內容整理成文，收錄進他的又一部記述〖中〗國〖革〗命的著作《紅色〖中〗國雜記》中。
編輯本段未赴毛〖主〗席之邀抗日戰爭爆發後，聶鶴亭於一九三七年八月被任命為中共〖中〗央軍委參謀部部長。軍委參謀部下設作戰、情報、
通信、管理四個局，聶鶴亭帶領各局的同志們承擔起繁重的日常工作，包括主力紅軍整編為八路軍，南方八省的紅軍游擊隊整編為新四軍，及與友軍聯合作戰等具體業務。這期間，聶鶴亭幾乎天天向中共〖中〗央軍委〖主〗席毛〖主〗席等領導人請示、匯報，他有意識地向他們學習，在思想方法、工作方法方面都頗有收獲。
一九三七年十二月，新四軍軍部在武漢組建。軍長葉挺是聶鶴亭的老上級，副參謀長周子昆北伐戰爭時期當過聶鶴亭的營長、黨小組長。新四軍初建，正急需干部，葉挺等便向黨〖中〗央提出：希望調聶鶴亭到新四軍工作。
毛〖主〗席當面征求了聶鶴亭的意見，聶鶴亭見老上級相邀，馬上表示願意去新四軍。毛〖主〗席批准了。但看到愛將即將離開，毛也感到心中不舍，於是提出讓聶鶴亭動身之前再到自己那里去一趟，他要為聶鶴亭*行。聶鶴亭想到要去新四軍，心里太高興了，雖注意到了毛〖主〗席的一臉不舍，卻誤讀了這個表情。以當時毛〖主〗席的威望，聶鶴亭生怕在*行時，毛再出言挽留，那就走不了了。於是他耍了一個「小聰明」反正毛〖主〗席同意了，他簡單地收拾完東西，向毛〖主〗席的窯洞方向不舍地望了一眼，未赴毛〖主〗席之邀，便匆匆地離開了延安。這本是一個誤會，但卻形成了不良的影響。
事後，聶鶴亭解釋說：當時自己實在太想去新四軍了，生怕毛〖主〗席變卦，不放他去新四軍，所以才聶鶴亭已意識到在這件事上自己的做法的確欠妥。他到武漢後，被中共〖中〗央長江局留在八路軍駐武漢辦事處，開展對國民黨軍的統戰工作，未能如願去新四軍。五個月後聶鶴亭奉調再次回到延安。
對上次未赴毛〖主〗席之邀」事，他本想找毛〖主〗席當面解釋一下，但卻因為種種原因終於沒有成行。此事成為他一牛中的一件憾事。
主張打錦州抗日戰爭勝利後，聶鶴亭隨林彪、蕭勁光前往東北，先後任松江軍區司令員兼哈爾濱衛戍司令員，東北〖民〗主聯軍參謀長，遼吉軍區司令員，遼北軍區司令員。遼北軍區是由遼吉軍區和遼寧軍區合並而成，轄區包括今遼寧省和吉林省的大部、內蒙古自治區一部，是東北較大的二級軍區，所屬部隊有六個獨立師、一個騎兵師、三個軍分區及一個軍事部，總兵力接近十萬。
遼沈戰役是扭轉全國戰局的關鍵一仗，戰役打響前，聶鶴亭經過深思熟慮，向林彪提出：東北野戰軍主力似可南下攻打錦州，只要攻克錦州，東北戰局就會大大改觀。但林彪有自己的想法，沒有采納聶鶴亭的建議。後〖中〗央軍委幾次發來的電報，也要求東北野戰軍南下打錦州。聶鶴亭的建議與豐央軍委的決策吻合，林彪當然也記住了這個在第五縱隊時的同事。