對待蒙古就不能像建奴那樣要么誅殺要么俘虜帶到其他地方做苦役了，因為一來他們所占據的土地大多都不適合做耕地，很難吸引關內的移民填充，就算將他們全部遷走，還是會有其他地方的蠻族來占據他們留下的土地，繼續sāo擾大明的邊鎮；二來如今的蒙古騎兵早已不復當初成吉思汗時的實力，而且各部落之間彼此廝殺不斷，早就成了一盤散。，他們並沒有能力給大明制造多少麻煩。

所以，李悠的計劃是用軍事、經濟、政治等多種手段來加qiáng對大漠的統治，先在各處戰略要地築城，建立城堡以駐軍，再在周圍展開屯田以節約開支，以軍事力量鎮壓諸部，讓他們不敢反抗，同時維護商路的通暢和商人的安全。

與此同時，在靠近大漠的幾座城池建造各種農牧產品加工工坊，用來將草原上盛產的羊毛、羊肉、牛皮、牛肉等物加工成暢銷產品銷往各地，用經濟手段來對草原進行控制；然後在各處城堡的外圍建立商棧用來收購蒙古人的產出，銷售他們日常所需的茶葉、鹽等物品，將他們的日常生活和商路的通暢捆綁在一起，將蒙古草原納入到大明的經濟圈之內，等這里所有的人都要依靠和中原的交易來換取需要的商品時，他們就再也無法擺脫大明的控制了。

當然，李悠還會在城堡外面建立學堂，官府衙門，學堂用來教導那些部落貴人們的子弟，將來如果沒有完成學堂的學業，他們就沒有資格繼承父兄的地位，然後用大明文化的優越性將他們慢慢同化；官府則用來維持當地秩序，慢慢和那些部落貴人爭奪權力，並最終將這些地方變成大明官府的直接管轄地。

此外，李悠還打算引進中原的宗教來和密宗、薩滿教等爭奪信徒，所以他也會在城堡周圍建立一些寺廟道觀，讓那些僧侶和道人以此為基礎，廣泛吸納信徒。

在逐漸盪平了林丹汗的殘余勢力之後，李悠開始分配任務，他將剛剛打下的草原分成幾個都護府，讓曹變蛟、李自成、張獻忠等年輕將領充當都護，並對蒙古草原上的勢力范圍進行了重新劃分，靠近城堡、擁有肥美草場的土地被劃給了那些臨陣倒戈的部落，而更遠一些，較為一般的草場被劃分給很快就屈膝投降的部落，至於少數負隅頑抗的部落，則只能分到最為貧瘠的草場，或許用了多久，他們就會被其他部落徹底吞並。

雖然大多數俘虜都被放歸，但林丹汗的親信部落卻不能輕易饒恕，這些人將負責蒙古草原通往中原的大道、還有各處城堡的修築，大明此前在修築寧錦防線的過程中積累了豐富的經驗，再加上李悠又融入了西方棱堡的長處，等城堡修好以後，只需數千兵馬駐守，就可牢牢控制住廣袤的土地。

等安排完這些事情，將蒙古草原的東部留給曹變蛟、李自成等人處置，李悠則帶領著盧象升、曹文詔、滿桂等人繼續向西方攻去，在哪里還有衛拉特蒙古沒有消滅，他們因為和林丹汗的仇恨，所以沒有參加這次的聯軍，倒是讓他們暫時躲過一劫。