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在出發之前，周淮安已經部分調整和明確了太平軍的軍事體系。主要是將嶺外湖南、荊南境內的五萬多人馬，嶺內的近三萬人馬，以及安南的七八千駐留部隊。相對雜駁的從屬關系，給重新歸列成為一到八的主戰軍序和戍防、屯守的二三線序列。
大致由老營、新營、暫編營和補充營，駐隊營等等，九十多個不同用途和職能所屬的營頭構成。其中除了只有訓練任務的補充營和承當部分生產任務的駐隊營以外，其他的老營代表得是野戰精銳，新營代表的是正規戰兵，暫編營則是用來吸收和改造兼並的別部義軍所屬。
按照規劃，第一到八軍序是作為具體作戰和臨陣指揮的編制。約莫配屬六到八個不同職能的營頭組成；每個軍別設一個領軍兵馬使，以郎將銜領之，再設左右副將佐之。各領若干個（營）都尉和別將，（團）校尉、（旅）旅帥、（隊）隊正、（火）火長和（旗手）五頭。
而在編列剩下的二三線駐隊團和屯所巡護隊，工程營造編制；則被按照區域分列為十幾個級別次一等的重點防戍區，稱之為守備使以都尉銜領之。作為二線的後方緩沖和對方鎮壓、肅清的重心地帶。
至於日常的內務管理、後勤補給、裝備維護和訓練，人事考核、軍紀糾檢、宣教撫恤等等等，則統一還是由周淮安手下的太平軍六曹三參協助總籌管理；同時與偏向政務方面的留守司，相關職能部門進行業務對接和協同。
這樣的話，算是初步將軍事和政務系統，軍隊的戰地指揮和運營管理職能，機動作戰力量和對方守備武裝，給初步的區分開來而接近後世近代軍隊的發展方向。
下一步周淮安還打算將更加細化的軍隊參謀職能，也給獨立出來而成為一個升遷體系；只是這就需要足夠數量的合格候補人選，光靠隨軍夜校和後方的速成班，一時半會也還沒法提供齊全。
當然了，目前情況下因為條件有限只編列成了一到五的序列。除了優先配備完成的第一第二軍之外，其他三個軍序其中還有相當部分營頭是不滿編的，而其中的第五軍是專門的水軍序列。相應的防戍區也只是在原有基礎上成立了桂州、潭州、韶州、交州四處而已。
此外就是樣子隊、騎營、投火隊、直屬營、教導大隊等幾支掌握在周淮安手中的技術兵種和特殊編制。
等到大量的收編義軍完成初步的改造和整訓之後，這種情況就會有所大為好轉；說到底眼下缺少的還是時間和更多發展的積累作為緩沖。然而接踵而至的敵人和其他外部因素的干涉，又不容許太平軍又多少埋頭發展的余地，需要一邊作戰一邊訓練的成本，維持一支足夠規模的威懾武裝。
這就造成了眼下少量精銳的部隊，搭配大半數的普通士卒，加上為數不少屯墾和半脫產武裝的搭配模式。
畢竟相對經驗豐富精通多種戰技的士兵，其實是一種裝備和維持成本都相對高的存在；因為同樣的裝備和訓練投入，完全可以武裝和訓練上數倍，乃至更多單項專長的普通士兵。所以一般只存在少而精的親兵和跳盪序列當中。
而在通常情況下大多數古代軍隊都是由專一訓練，以具有某種武器裝備相對熟練度的士兵組成消耗品序列；真要是損失後補充起來，也不會比少量精銳部隊更加肉痛和困難的多。
像是刀牌手、矛兵、射生（弓弩）兵等常見的主戰兵種序列，雖然有時候會兼用其他的裝備來提供戰斗力上的補充，但這並不是一種常態或是正規模式（追擊敗敵、臨時增援、器械用盡等等），屬於特殊條件下在不擅長的領域當中，以己之短擊敵的不得已為之。
而武裝起來的民壯和半脫產的屯墾部隊，因為能夠投入訓練和勤務的時間有限，只掌握了有限的隊列陣型和簡單軍事操條，更在是缺乏在獨立情況下的正面作戰能力，而只能用在後方的據點守衛和治安維持、鎮壓方面的低烈度用場。
而經過了早前在大將軍府的經驗教訓和心得體會，對於黃巢麾下大多數粗鄙不文出身的義軍將領而言，觀與他們將道理和曉以利害還不夠，直接展示肌肉和拳頭才是最有效果的交涉和溝通方式；至於黃巢本身，周淮安相信他自有利害得失的判斷能力。
所以像是那些yy小說里明明有雄踞一方的實力和本事了，居然還想著是藏著掖著低調做人之類的；然後被錯判了形勢的各種跳梁小丑，層出不窮的冒出來打臉和反打臉而樂此不疲，純粹就是作者日常里自信心不足的自卑情節和擼瑟心態作祟。
所以這一次他從編列好的第一到第三軍，各抽出新老兩個營來組成一支參加會盟的別遣部隊，並帶上了第四軍中所有可以抽調出來的水軍力量和大船，以為此行的輸送、排場和護衛、接應力量。
因為具有老義軍背景的朱存、曹師雄和張居言，這次都隨之要求同行出陣的緣故，作為實際上第三號人物的軍主薄柴平，也從郴州趕過來坐鎮江陵當地；以防備來自北面山南道的劉巨容部，以及源自西面劍南東川節度使的輕取、偷襲手段。
雖然現任的西川節度使陳敬瑄，就是靠裙帶關系上位的田令孜之弟，而以兒戲一般馬球得官的廢物點心，但是前任節度使崔安潛留下的牙兵和行營底子，卻是不容小覦的存在。
而在此之前，太平軍麾下除了留守江陵的第三軍和潭州的第五軍之外，以第一軍和第二軍的其余部隊為首，已經正式發動了對於比鄰的袁州（今江西宜春市）和洪州（今江西南昌市）境內的掃盪攻勢，以為江州（江西九江市）境內會盟就近的策應和前期准備。
而位於長江邊上的另一個大州——鄂州（今湖北武漢），就在自己此行的路線上，所以將由周淮安親自率部奪取之，也算是對於將來可能遭遇的突發狀況和意外，一種變相熱身和預演吧。