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朱由檢以戰時需要的名義決定成立大元帥府。

以原有的五軍都督府為基礎改組。

大元帥府設參謀本部、陸軍部、海軍部、財務處、總裝備處、總政治處、總後勤處、總訓練處等機構。

大明皇帝親自任大元帥。

也就是說大元帥府各附屬機構統一向崇禎帝朱由檢負責，不隸屬於六部和內閣。

同時，十二個戰區的指揮長官即總兵和總督也直接向大元帥府負責。

朱由檢如此做便就是要將軍政分開，內閣統民政，大元帥府統軍事，而兵部則擔當兩者之間協調的橋梁。

成立了大元帥府，接下來便是各戰區指揮長官的任命。

朱由檢將內閣七名成員帶著一起來淮安府的重要目的，便是要撇開南京的官員，在淮安府直接組建從中央大元帥府到地方總督總兵的指揮體系。

在成立大元帥府前，內閣和司禮監依舊是承接旨意政令下達的重要環節。

因而，朱由檢在讓內閣票擬、司禮監批紅，下達自己成立大元帥府後，便直接以大元帥府令，宣布現有十二個戰區總督總兵人選。

其中。

山東戰區，包括大明現控制的部分北直隸地區，戶部尚書倪元璐改為右都御史任山東總督，由皇帝義妹、周遇吉之妻朱昭明任總兵官。

而周遇吉則調任淮揚任總兵官，協助朱由檢訓練近衛新軍。

河南戰區，則由呂大器由兵部左侍郎銜任河南總督兼總兵官，統轄河南軍政大權。

河南乃四戰之地，早已是民生凋敝，且無險可守，朱由檢不放心讓原本歷史上投降滿清的許定國統轄總兵大權，便讓呂大器直接兼領。

鳳陽戰區，則由李邦華直接以大學士之尊擔任總督，而劉芳亮任總兵官。

內閣大學士可以兼領地方總督一職，但這也只能是朱由檢的絕對心腹且必須是京畿地區，以便軍政協調。

應天戰區，以路振飛擔任總督，御馬監何新任總兵官。

淮揚戰區自然是李明睿擔任總督，周遇吉任總兵官。

如此，鳳陽、應天、淮揚三個戰區便俱是朱由檢隨扈南遷的嫡系。

蘇淞戰區，乃江南富庶之地，也是江南士紳集中地，朱由檢干脆讓流賊出身的高傑任此地總兵官和總督。

這樣，也算是避免江南士紳掌控軍權。

畢竟高傑這樣的人素來不被士大夫相容，如今朱由檢偏偏讓高傑駐守蘇淞，無疑是有意惡心一下這些士紳。