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五天後，水師艦隊抵達了台灣淡水港1,。

回來台灣之後，岳雲便立刻召集島內眾官員和軍隊中都指揮使以上級別軍官，在台北城府衙前的廣場上宣讀了朝廷的聖旨，稱海外都護府正式建立，府衙就設在台北城內，將原來的台灣府衙改為海外都護府府衙。.

同時，岳雲宣布由於台灣府升格為海外都護府，加上現在轄區已不止台灣一地，還包括呂宋州、琉球群島和日本的邇摩郡、鹿兒島、橫濱城，所以要對機構設置進行重新安排。

海外都護府設大都督一名，由岳雲擔任，下設內政部、財政部、外交部、情報部、科技部、國防部六大部門。

內政部主要負責都護府內的民生、道路維修、城池建設、碼頭維護、礦產開采、人員登記管理，協調內部各州縣的事務。部長由劉一寧擔任。

財政部主要負責都護府內的收稅、收支預算、財政拔款等事務。由李雨柔任部長。

外交部主要負責與都護府外的國家和地區聯系交往，包括簽訂條約、對外貿易，保護都護府民眾在他國的利益等。部長由薜源擔任。

情報部主要負責收集海外都護府的內部及國外的情報。部長由鞏月漓擔任，分為對內調查司和對外情報司，分由鞏義和鞏勇擔任司長1,。

科技部是由原來財政部下屬的火器制造局提升而來的，主要負責各項科技的研發，及兵器、船只制造。岳雲特地交給情報部一個任務，就是搜羅那些精通奇技淫巧的匠人，想方設法挖到台灣來。科技部的部長由陳規擔任，目前只設了武器制造局、造船廠、農作物研究院三大機構，分由蘇永貴、高宣和陳旉任負責人。

國防部主要負責士兵招募訓練、保衛海外都護府的領土不受侵犯，按都護府的命令承擔對外作戰任務。部長由虞允文擔任。下分陸軍和海軍兩大兵種。

陸軍都統為張憲。分為騎兵軍、步兵軍和火器軍，分由岳雷、陸文龍和關鈴任統制。

海軍分為北海艦隊和南洋艦隊。

北海艦隊的主要作戰范圍為高麗、日本、金國及台灣以北的江浙、琉球一帶沿海區域，艦隊司令由楊月擔任。下屬三大駐防艦隊，分別是日本駐防艦隊、琉球駐防艦隊和台灣本土駐防艦隊。其中台灣本土駐防艦隊司令由楊月兼任，而日本駐防艦隊司令和琉球駐防艦隊司令則由呂浩、宋忠擔任。

南洋艦隊的主要作戰范圍則包括嶺南沿岸，以及呂宋、安南、占城、馬六甲、三佛齊等在內的南洋諸國沿海區域。艦隊統制由李寶擔任，下屬五支分艦隊。即第一、第二、第三、第四和呂宋駐防艦隊。李寶自己兼任第一分艦隊統領，菲加任呂宋駐防艦隊統領。而第二、第三和第四分艦隊則由曹寧、高寵、趙耀擔任艦隊統領。

同時，岳雲還在國防部下開設了一所軍事院校，稱為台灣軍事學院，由岳飛任院長，負責培訓軍官，訓練士兵。

除了這六大部門外，岳雲還新設立了兩個頗具現代特色的機構：法院和議會。

法院自不必說1,。按岳雲的解釋，這就相當於大理寺和臨安府的那種機構，專司訴訟。同時，延續了之前台灣府的兩審終審制。設海外都護府最高法院，院長由張擇瑞擔任，下設台灣州、琉球州、呂宋州三個州法院。負責處理民間訴訟，由情報部對內調查司查獲的貪污瀆職官員也由州法院審理。*而軍隊中的訴訟則有專門的軍事法院進行審理。

而議會這個新機構卻讓眾人都摸不著頭腦。按岳雲的說法，這個議會是將民間一些有聲望的人組織起來，讓他們參於政府的政策及法律制定，反映民間百姓的訴求。避免高層官員和基層民眾脫節。而這些議會的議員由百姓推舉。每五年推舉一次。

第一屆議會的議長由王童擔任，以後則由議員選舉產生。議員人數暫定為台灣三十名、琉球五名、呂宋五名。以後則按各州的人口比例來確定議員人數。這些議員並不列為政府官員，依然是一般民眾，只是因擔任議員擔擱了他們的日常工作，由政府給予一定補貼。

在討論海外都護府的政府機構設置時，當岳雲提出設立議會，很多人都表示多此一舉。而岳雲卻堅持要求設立。因為他太清楚一個國家有議會，而且是由民眾推舉的議員組成的議會。對國家的民主進程有多大作用了。

眼下海外都護府政府是一個全新的政府，以年輕人居多，較為能接受新事物。如果把規矩現在就定下來。以後按此框架向其他地方推廣就容易得多。