就在楊震率部離開淮南根據地，向蘇北疾進的幾乎同一時間。因沿江日軍封鎖，渡江整整晚了半個月才渡江的軍部以及主力。也在一月下旬日軍沿江封鎖緩解後，於蘇南渡江。以強行軍的速度向北轉移。

於二月六日，在蘇中部隊的掩護之下，順利抵達鹽城新四軍蘇北指揮部，與楊震所率領的部隊以及蘇北部隊匯合匯合。至二月六日，軍部以及皖南部隊主力抵達鹽城，於一月一日正式開始的皖南部隊北移行動宣告結束。

此次轉移，皖南部隊以傷亡、失蹤一千余人，團以上干部犧牲五人的代價，順利的突出了第三戰區八個師重兵的合圍和清剿，按照預定計劃抵達蘇北。雖然抵達蘇北的時間比預定的時間整整拖延了大半個月，但不管怎么說，皖南部隊主力和精華算是突出來了。

在軍部與皖南部隊主力抵達鹽城的當天，為了與重慶宣布新四軍為叛軍的輿論相對抗。在皖南部隊全部抵達鹽城後，由原中原局與東南局組成的新的華東局，宣布重新調整新四軍的編制。

新四軍原有的支隊編制撤銷，各支隊與南下的十八集團軍部隊幾個縱隊統一改編為六個師、一個獨立旅。並按照各個師的活動區域，組建了一批二級軍區。原淮南軍區部隊整編為二師兼淮南軍區。

原本中央准備將皖江軍分區單獨劃出來，組建皖江軍區兼新四軍第七師。但在楊震的建議之下，皖江軍分區還是放在了淮南軍區的建制之內，不過在兵力上得到了加強。由原老三團改編的淮南軍區獨立團，南下與無為游擊縱隊、三支隊挺進團匯合。

而留在皖南堅持游擊的部隊，則改編為軍分區皖南獨立團，在建制上劃歸皖江軍分區指揮。三支隊挺進團也做好了准備，隨時在必要的時候，渡江南下與獨立一團匯合。至於皖南沖出來的老三團，則因為損失過大，暫時留在皖江地區休整、補充。

至於活動在蘇中的一師，以及留在蘇南堅持的第六師，相隔只不過一條長江的這兩個師。楊震建議雖然對外編成兩個師，但對內最好還是實行一元化指揮。以便蘇中、蘇南部隊，在作戰的時候可以相互的策應。

除了部隊變化相當的大之外，整個新四軍的統帥機關也做了一定的改變。軍長與蘇北總指揮分別擔任正副總指揮，原中原局第一書記則擔任新四軍政委，政治部主任、參謀長不變還是由原政治部主任和參謀長擔任。

而原本准備隨楊震調往東北任東北軍區參謀長的原副參謀長，經過慎重的考慮，楊震還是建議在新四軍高級指揮人員並不充裕的情況之下，在與新的正副總指揮研究後，上報中央並經過中央的批准，還是繼續留在新四軍工作。

改編命令的下達，新的政委到任，也就意味著楊震這個臨時的政委已經完成了歷史使命。就在新的整編命令下達的當天下午，在鹽城臨時機場上，楊震悄無聲息的乘坐兩架由延安飛抵鹽城，為新四軍補充葯品、彈葯以及裝備的抗聯運輸機離開了蘇北。