胡向黃維和軍師長傳達了蔣的指示後，馬上到各軍師陣地視察，並將兵力作了局部調整。幾天之後，中原野戰軍的攻勢更加猛烈。第十二兵團糧彈匱乏，南京空降飛機有減無增，局勢越來越嚴重。黃維決定派胡璉去南京，一則向蔣介石報告險情，催運補給，敦促救兵請示對策：二則要胡住在南京，以免和大家同歸於盡。如果第十二兵團被殲，望胡能為大家處理善後。七日，胡璉飛南京向蔣介石報告雙堆集情況。8日晚，蔣介石邀宋希濂、胡璉，蔣經國共進晚餐，並放映電影《文天祥》。蔣對宋、胡說：「這個片子很好。」暗示宋、胡為其政權「效忠…，。九日，胡璉再次飛雙堆集，向黃維等傳達了蔣介石准許在危急時可以突圍的指示。
十二日，中原、華東野戰軍對第十二兵團發起總攻。十五日，黃維突圍的命令下達後，所部爭先恐後亂成一團結果除少數漏網者外，悉數被殲。胡槽因害怕當俘虜，在突圍前向醫務人員要了大量安眠葯，准備在不能脫身時，服葯自殺。胡後來乘戰車沖出了重圍，遇到第十八軍未被包圍的騎兵。不久，他跑到了南京。
一九四九年二月，胡璉被南京國防部任命為第二編練司令部司令，負責收集從長江以北潰敗逃至江南的官兵，並補充新兵。第二編練司令部設在江西南城，得到當時的江西省〖主〗席方天的許多幫助。不久，便成立、重建和督練第十八軍和第十軍，由高魁元、劉廉一分別任軍長。是年四月，解放軍渡江戰役打響後，代總統李宗仁要胡璉率部進駐大庾嶺，胡對李的命令陽奉陰違，按兵不動，暗中卻接受蔣介石的遙控指揮：五月中旬，南城解放，第二編練司令部改編為第十二兵團，胡璉任司令。
一九四九年七月，國軍第十二兵團根據胡璉總司令「縱深防御、移動防御」的戰略原則開始進行大規模的戰略轉移，分兵兩路南下，成功擺脫了南下大軍圍殲第十二兵團的戰略企圖，於七月十四日從江西進入廣東興寧，在石馬鎮稍事休整，接著進入梅縣：在石馬休整期間，兵團總司令胡璉曾在辛亥〖革〗命元老、同盟會嘉應州主盟人「何子淵故居」光裕廬坐鎮指揮部隊達五天五夜，後因電話線路多次遭游擊隊破壞，而匆忙撤離石馬。（七月十四日亦是〖中〗央軍委關於圍殲胡璉命令電報發出的第一天。）
九月初，胡璉兵團撤往廣東潮汕地區，期間在潮汕、普寧地區大量抓捕青壯年男子（抓壯丁）以補充死傷潰散的所部軍隊，旋從海上駐防金門。十月二十五日，胡璉第十二兵團與李良榮第二十二兵團，在金門西北角的古寧頭村，成功阻撓解放軍登陸金門，並取得金門戰役的勝利。同年冬，胡璉被委任為福建省〖主〗席兼第十二兵團司令。一九五零年初，第十二兵團改為金門防衛軍，胡璉任金門防衛軍司令兼福建省〖主〗席及福建人民反共救國軍總指揮。
一九五一年，胡璉在金門成立「福建省游擊隊」後改名為「福建省反共救國軍」他任總指揮。胡璉曾派遣小股特務潛入福建省，試圖進入戴雲山區進行反共游擊活動。但不到一個星期，大陸軍民便將這些特務一網打盡。
一九五二年十月，胡璉加授陸軍上將銜。同時，被選為〖中〗國國民黨「第七屆〖中〗央委員」：此後，他連任第八、九、十、十一屆〖中〗央委員。
一九五四年六月，胡璉奉調回台北任第一野戰軍團司令。一九五七年又奉調去金門，再次出任金門防衛司令，一九五七年七月升任二級陸軍上將。一九五八年八月二十三日，福建前線人民解放軍炮轟金門，次日，胡令所部向大瞪島進行炮擊。金門炮戰持續了四十六天，九月任金門防衛司令部司令兼金門戰地政務委員會主任。
一九五八年冬，金門防衛司令由劉安祺接任。胡璉擢升為陸軍總司令部副總司令。一九六一年十二月入國防研究院受訓。一九〖六〗四年，胡璉出任「駐越南（南越）大使館大使」在職八年。一九七二年胡璉被免職回台北，任「總統府」戰略顧問，並晉升為一級陸軍上將。他晚年愛好文學和歷史，研讀典籍，喜讀古書，一九七四年附讀台灣大學歷史研究所，研究宋史和現代史。著《古寧頭作戰經過》、《泛述古寧頭之戰》、《金門憶舊》和《越南見聞》等書。一九七七年六月二十二日，胡璉因患心臟病在台北逝世。
胡璉將軍的遺體，後以海葬形式安葬在澎湖列島海域，實現了其「魂護台澎」的遺願。
遍覽台灣近年之軍史著述，不光竭力貶低劉伯承、陳毅、粟裕等大陸將領，而且將張靈甫、李仙洲、邱清泉、黃百韜，黃維等國民黨敗軍之將也說得愚蠢之至糞土一般，唯胡璉超智超勇鶴立雞群乃千古難覓之良將，似乎蔣公介石如早早委此君以大任，則定能扭轉乾坤、挽狂瀾於既倒。
平心而論，胡璉在戰場上的表現確比其同僚們略高一籌，他有張靈甫的「悍」但無張靈甫的「驕…，：其「忠」不比黃百韜少，其「謀」絕比黃百韜多。台灣史籍廣泛傳引所謂毛〖主〗席給前線部隊的一封親筆函稱：「十八軍胡璉，狡如狐，勇如虎。宜趨避之，保存實力，待機取勝。」以說明共軍對胡璉的畏懼之甚。毛〖主〗席是否發過如此信函根本無據可查，但把胡璉喻為「虎性」與「狐性」的結合體還是恰如其分的。許多三野老人認為，胡璉的整十一師（十八軍），綜合戰力僅略遜於整七十四師，從其幾次避免了被殲的命運，而且是「五大主力」中最後一支被殲滅的王牌部隊來看，說胡漣「能戰」不算是溢美之詞。