當時南滿〖民〗主聯軍主力只有第三縱隊和第四縱隊兩個縱隊，第三縱隊比第四縱隊歷史長，作戰經歷較多，但第三縱隊領導改組不久，現領導對部隊，對現領導還不大了解：而第四縱隊經鞍海、新開嶺兩戰役後士氣較高，部隊對縱隊領導尤其對韓先楚作戰指揮有信心，且第四縱隊司令員（吳克華）不在位軍事上實際是韓先楚負責。因此，陳雲決定：由第四縱擔負深入敵後作戰的任務，把敵人拖在南滿。在第四縱隊縱臨出發前陳雲和肖勁光找韓先楚談話，交待深入敵後的軍事行動由他負責，有什么問題電台及時聯系，問他有什么困難。
韓先楚表示：請分局和軍區領導放心，一定完成任務，除了部隊棉衣單薄尚未完全解決外，其他什么困難也沒有。陳雲、肖勁光馬上交代了解決棉衣的辦法，韓先楚立即在颯颯寒風中向陳、肖揮手敬禮後躍身策馬而去。在目送他去遠時陳雲向肖勁光說了一句：現在多需要這樣的干部啊！一九四七年一月到二月間，韓先楚和政委彭嘉慶等率第四縱向敵守備重點寬甸、桓仁、鳳城、賽馬集地區及安（東）沈（陽）
鐵路兩側實行遠程奔襲，在第一次保衛臨江戰役和第二次保衛臨江戰役的五十多天中，冒零下三、四十度嚴寒，在敵後東至鴨綠江南至普蘭店，西至撫（順）本（溪）外圍，北至永（陵）通（化）公路長寬幾百里之廣大地區內，作戰五十多次，拔掉敵據點四十多個，殲敵六千余人掃清了永（陵）桓（仁）公路以西縱橫近百公里地區的敵人，摧毀了敵偽統治，鼓舞了人民鞏固和發展了土改，直接威脅撫順、本溪使敵人不得不從進攻臨江的兵力中抽回四個師以鞏固其後方並對付第四縱隊，這樣配合第三縱隊粉碎了敵人的進攻，並共同取得了高力城子、三源浦殲敵之重大勝利。
陳雲和肖勁光曾為此以南滿分局的名義專門給第四縱隊發了嘉獎電報。作為第四縱隊主要軍事指揮員的韓先楚，在這次深入敵後的作戰行動中，是起了十分重要的作用的。韓先楚具有豐富的作戰經驗並善於深思熟慮，所以他對敵我情況有深切的了解，能正確領會上級意圖，抓住敵方要害、掌握戰機。在這個基礎上，建立他積極求戰不畏強敵的精神和正確果斷的決心與勇於負責的態度。一九四七年三月下旬，在敵人第三次向臨江根據地進犯的行動被〖民〗主聯軍粉碎之後，國民黨部隊由吉林、長春、察南拼湊了十四個師（共計十萬之眾）的兵力，分三路向臨江地區發動空前規模的第四次進犯。敵東北保安司令鄭洞國、第十三軍軍長石覺，煞有介事地親臨新賓坐鎮指揮，妄圖以營盤至通化這條路為樞紐，舉行五百里寬的正面進攻，占領通化兩側地區，打通新賓至通化路後，分兵四路直取臨江。當時，遼東〖民〗主聯軍第四縱隊有兩個師在敵後堅持，正面只有第四縱隊一個師和第三縱隊三個師不到十四個團的兵力。敵我對比形勢甚為嚴重。南滿分局開緊急會議分析了形勢和任務，認為要准備打硬仗，無論戰爭多殘酷也要打勝這一仗，決定組成前線指揮部，以第三縱隊縱領導、第四縱副司令韓光楚為正副指揮。要韓先楚去第三縱隊共商作戰計劃…。他去後卻和第三縱隊領導分別給南滿分局發來了作戰方案的電報。第三縱隊領導的電報主張先打敵中路側翼裝備較差、戰斗力較弱的雲南部隊暫編第二十師，認為這樣比較穩妥：而韓先楚的電報則主張先打敵中路主力美械裝備戰斗力較強的蔣嫡系第八十九師加第五十四師的一個團。第三縱領導認為打第八十九師如在一天內解決不了戰斗，各路敵增援上來，〖民〗主聯軍有被圍的危險，不同意此案。而韓先楚則認為該敵盲目驕傲，剛從外地調來不了解〖民〗主聯軍之特點，如果能爭取時間將敵誘至有利的地形上突然出擊之，就可在較短的時間圍殲，該敵是主要進攻的一路，打掉它即可粉碎敵全面進攻。陳雲、肖勁光接到這兩個電報後分析：按照常規，第四縱隊只有一個師參戰，作為第四縱隊副司令的韓先楚完全可以同意第三縱隊領導的方案。打好了有自己一份，打不好當然由第三縱隊領導負主要責任。但韓先楚沒有這樣做，而是另發電報堅持己見，可見他既敢於堅持原則又胸中有數。陳雲和肖勁光二首長研究後認為，韓先楚的方案能更有力地打擊敵人，他如沒有把握不會這樣堅持。遂復電同意韓先楚的方案，為利於貫徹作戰意圖，並決定由韓先楚為主，統一指揮第三縱隊作戰。這種安排，在解放軍戰史上極為罕見，既體現了陳雲和肖勁光的慧眼識才，也表現了韓先楚的過人將才。兩天後捷報傳來，在韓先楚指揮下，經十個小時的激烈戰斗，一舉將敵第八十九師及第五十四師的一個團全殲於遼寧紅石砬子（紅石鎮）地區並同時擊退敵兩個師的增援。此戰〖民〗主聯軍只付出傷亡近三百人的代價，獲斃俘敵萬余人的勝利，首創東北戰場上一仗全殲敵一個整師又一個整團的范例，且敵我傷亡比例為驚人的十四比一。其他各路敵人見第八十九師被殲，紛紛撤退，敵第四次進犯臨江的行動被粉碎，從此扭轉了南滿〖民〗主聯軍防御的局面，東北戰場上〖民〗主聯軍開始轉入反攻。在堅持南滿的斗爭中，韓先楚一直率部在前線奮戰，總是在最艱苦最危急的地方，他在幾次關鍵性的戰役中起了重要作用。因此東北第三縱隊和第四縱隊干部、戰士聽說他指揮打仗，就渾身來勁、信心倍增！
一九四七年東北夏季攻勢中，韓先楚指揮五個團攻克梅河口，殲敵重建的第一八四師，打通了東北〖民〗主聯軍的南北聯系。九月，韓先楚升任東北〖民〗主聯軍第三縱隊司令員。陳雲當時就說過，第四縱隊的戰斗力給韓先楚帶出來了，第三縱隊是個老部隊，韓先楚去一定會打得更好。不出陳雲所料」第三縱隊在韓先楚指揮下，立了赫赫戰功：一九四七年秋、冬季攻勢作戰中，他采用「掏心」戰術，率第三縱急行軍一百二十公里，在威遠堡、西豐地區全殲敵第一一六師，配合兄弟部隊在安福屯、公主屯地區全殲敵新五軍軍部及兩個師，並攻克開原、四平，全殲守敵：遼沈戰役中，他率第三縱隊在攻錦戰斗中首先攻克了被敵人吹噓為「第二個凡爾登」的配水池和亮馬山這兩個城北制高點，隨即迅速突入錦州市內殲滅了范漢傑的兵團指揮部，移師遼西參加殲滅廖耀湘兵團後，因敵我雙方都處於〖運〗動之中，韓先楚根據形勢，要求部隊發現哪里有敵人就向哪里打，哪里槍聲密集就往哪里集中，注意和兄弟部隊聯系，並指出了向沈陽前進的大方向。這一措施充分發揮各師的自主性和靈活性，很快就殲滅了廖兵團的指揮部和新六軍軍部。
由於在一九四七年東北戰場夏季、秋季、冬季攻勢和遼沈戰役中，韓先楚指揮第三縱隊勇猛迅速，攻無不克，所向無敵，被稱為「旋風部隊」。在東北戰場，韓先楚打出了威風，他所率的第三縱隊、第四縱隊成為東北野戰軍五大主力部隊。
一九四九年四月，韓先楚出任十二兵團副司令員，率部解放武漢。
湘翰戰役後，他又率部解放了長沙，建立湖南軍區並任副司令員。
隨後，他參加了消滅白崇禧集團的衡寶戰役和兩廣戰役，並作為十二兵團副司令員兼第四十軍軍長，負責中路軍正面戰場的作戰指揮。他帶領的部隊協同兄弟兵團南下追擊一直打到雷州半島，至此華南地區的大片土地已回到人民的手中。面對著敵人重兵盤踮的海南島，當時部隊個別人滋長了「〖革〗命到頭」的思想，還有部分同志對渡海作戰，解放海南有畏難情緒，依賴等靠購買登陸艇。