學校早年開設的課程以英國大學的模式為基礎，但是在思想上與這個殖民拓荒地盛行的清教徒的哲學保持一致。盡管它早年的許多畢業生成為了整個新英格蘭地區的清教徒聚居地的牧師，學校卻從未正式加入過某一個特定的教派。一份出版於一xxx三年的早期的小冊子闡明了哈佛大學的存在：「促進知識並使之永存後代。」

phibetakappa精英組織由威廉瑪麗學院的五名學生於一七七六年創建，該組織目前的分支已經遍布美國哈佛耶魯等頂尖名校（只有美國國家級別大學中的前百分之十的學校才有資格獲得phibetakappa組織的授權），總部在威廉瑪麗學院內，該組織的成員包括十七位美國總統,三十八位聯邦最高法院大法官，一百三十六位諾貝爾獎獲獎者。還有科波拉導演，前女國務卿賴斯，亞馬遜創始人，facebookceo，比爾.克林頓等等一大批美國精英，是全美影響最廣最有聲譽的校園組織，能夠加入該組織是全美大學生最高的榮耀.

一六三九年，為了紀念學院的創辦者和建校費用的主要捐獻者約翰.哈佛，馬薩諸塞議會通過決議，將學院改名為「哈佛學院」由哈佛學院時代沿用至今的哈佛大學校徽上面，用拉丁文寫著veritas字樣，意為「真理」。哈佛大學校訓的原文，也是用拉丁文寫的，意為「以柏拉圖為友，以亞里士多德為友，更要以真理為友」。校徽和校訓的文字，都昭示著哈佛大學立校興學的宗旨:求是崇真。哈佛早期的校訓是「察驗真理」、「榮耀歸於xxx」，以及「為xxx.為教會」。哈佛早期印章展示三本翻開的書本，兩本面向上，一本面向下，象征著理性與啟示之間的動力關系。哈佛的一份最早期文獻——一xxx二年的學院法例——如此寫道：「讓每一位學生都認真考慮以認識神並耶穌xxx為永生之源，作為他人生與學習的主要目標，因而以xxx作為一切正統知識和學習的惟一基礎。所有人既看見主賜下智慧，便當在隱密處認真借著禱告尋求他的智慧。」美國建國後，哈佛大學校訓恢復為最早確立的「真理」。

哈佛大學的校務領導機構，一是哈佛大學董事會，另一個是校務監督委員會。

哈佛大學董事會，負責大學的財政和校務的管理。有關教育政策和機構設置的重大事務，由校長和各部門主任向董事會提出討論定。哈佛大學各個研究生院院長和各個系的系主任，都由校長任命。

哈佛大學校務監督委員會，由三十名成員組成。這些成員大多由哈佛學院和拉德克利夫學院畢業的校友中選舉產生，任期為六年。校務監督委員會舉行定期會議，對大學的工作進行調查研究，就有關大學的教育政策和教育實踐提出建議，支持學校的重大活動。

哈佛大學規模龐大、資產超群，常被人戲稱為「哈佛帝國」。全校共設有13所學院。其中本科生院兩所，即哈佛學院與拉德克利夫學院；研究生院11所，即文理學院、商業管理學院、肯尼迪管理學院、設計學院、教育學院、法學院、神學院、醫學院、牙醫學院、公共衛生學院及大學擴展部等。幾個主要的研究生院的著名系、部有：

文理學院的生物化學與分子生物學系、生物科學部、應用科學部、計算機技術研究中心、地質學系、化學系等；醫學院的細胞與進化生物學系、微生物與分子遺傳學系、神經生物學系、生物化學系、生物學與生物物理學系、葯物學系、免疫學委員會、與mit合建的健康科學部等；公共衛生學院的微生物學系；設計學院的建築系和設計專業等；教育學院的管理、計劃和社會政策專業，教學、課程和學術環境專業，人的發展、閱讀和咨詢心理專業等。哈佛大學擁有兩千四百名教授，六千七百名本科生和一萬兩千四百名名研究生，校色是深紅色，深紅色也是哈佛的運動隊和日報theharvardcrimson的名字。

哈佛大學和麻省理工學院(mit)之間一直存在著友好的競爭關系，這種關系可以追溯到一九零零年，那時候兩校合並的問題被廣泛討論，甚至在某個時候被當局達成一致（後來被馬諸塞州的法院取消），今天，這兩所學校之間的合作和競爭依然不相上下，經常有很多合作的研討會和項目，包括哈佛mit健康科學與技術部，哈佛mit數據中心，dibner歷史科技研究所.此外，兩校的本科生和研究生之間還可以不用繳納額外費用就能相互注冊，獲得學分來得到自己本校的學位。

哈佛大學最近才成立工程與應用科學學院。由於哈佛的工程學科沒有鄰近的麻省理工學院完善，許多哈佛學生會到麻省理工學院修理工的課程或做理工的研究（哈佛大學曾經數次嘗試與麻省理工學院合並，但一是受限於雙方校園內部的意見，再加上為防止大學獨大，麻省大法庭於一九零四年裁定此舉違法，至今並無任何合並舉動）。

一六九三年，北美第二所學府威廉.瑪麗學院（今弗吉尼亞大學的第一所學院）誕生。一七零一年，耶魯學院（今耶魯大學的第一所學院）成立。這兩所學院的出現，使哈佛學院有了伙伴和競爭的對手。十八世紀下半期，北美洲陸續建起了九所學院，新建的學院雖然大體上仍沿襲英國古老學府的模式，畢竟時代不同了，受歐洲啟蒙運動和產業革命的影響，數學和自然科學陸續擠進這些學院的教學領域。受英國古老大學傳統影響較深的哈佛學院，面臨著強有力的挑戰。一七二七年，哈佛學院建立了數學和自然哲學的教授講座，這是順應時勢的變革之舉。此時，北美產業革命的勢頭興起，新興的工商業對應用科學的需求使哈佛面臨著重大的抉擇：要么墨守成規，這將失去它在北美高等學府中的領袖地位；要么推陳出新，以求繼續執掌北美學府之牛耳。哈佛選擇了後一條路。

數學和自然哲學教授講座開設後，哈佛學院還置備了一批科學儀器和設備，教授們用實驗的方法，向學生講授天文、物理和化學知識。在數學領域內，設立了測量術和航海術等技術學科。一七八零年，醫學教授講座的建立，促進了植物學和化學的研究。教授們開展各種各樣的科學研究，並將研究成果在北美和英國的學術刊物上發表，自然科學終於在哈佛建立起牢固的陣地，並對其它學院產生影響。

一七七五至一七八三年，北美十三個英國殖民地爆發了反對英國殖民統治的獨立戰爭。哈佛學院順應潮流，站在同情和支持獨立戰爭的正義事業一邊。在馬薩諸塞，幾乎所有著名的革命者都是哈佛的畢業生，包括美國《獨立宣言》起草人之一、美國第二任總統約翰.亞當斯。一七七五年七月三日，喬治.華盛頓在哈佛學院所在地坎布里奇就任北美獨立戰爭軍隊的統帥，他的司令部也一度設在坎布里奇。一七七六年美利堅合眾國誕生後，哈佛學院給獨立戰爭的主要領導人喬治.華盛頓、托馬斯.傑斐遜（《獨立宣言》主要起草人，美國第三任總統）、約翰.傑伊（美國聯邦最高法院首任首席大法官）、亞歷山大.漢密爾頓（首屆美國聯邦政府財政部長）等人授予榮譽法學博士學位ro