在這種嚴峻的情況下，傅家甸除了姚孫兩名醫生，就只有五名看護人員協助，而所謂的養病院也只是臨時由一間公共浴室改造的。姚醫生告訴伍連德，政府出錢為死者提供棺材，家屬既可就地安葬也可扶靈回鄉。由於傅家甸住的大多是闖關東的人，此時又臨近春節，所以很多人選擇回鄉。

傳染病從發端到大規模流行，其間有一段相對緩慢的發展期，如果在這時切斷傳播途徑，便可以控制住疫情。但隨著大批攜帶病毒的屍身和疑似患者踏上南下返鄉之路，疫情傳至關內只是一個時間的問題。伍連德感到他們已經失去了控制疫情的最佳時機，更大規模的爆發就要來了。

伍連德在傅家甸住了一個多月，他要求政府施加禁令，不許人員隨意離開駐地，同時實施隔離觀察確定發病人群，並在各區域進行嚴格的消毒措施。盡管措施得當讓疫情稍微有了緩解，但不知道究竟是何種病症，就無從下手從根本上解決問題。

根據這段時間的觀察，姚醫生認為這種病是在人與人之間通過飛沫傳播的肺部炎症。傅家甸民居低矮骯臟，再加之冬天門窗緊閉空氣不流通，一旦室內一人染病很容易全家感染。但自從1894年發現鼠疫桿菌後，醫學界普遍認為鼠疫桿菌是由跳蚤咬了染病老鼠後，又咬人才得以傳播的，這似乎與姚醫生反映的病毒傳播方式不同。而且此時正值隆冬，哪有那么多跳蚤呢？

因為疫情的散播太快，伍連德先上書朝廷，要求各地嚴格進行防疫措施，以免疫情傳至帝都。對於疫情傳至帝都，城內的權貴們非常敏感，他們立刻頒布了嚴格的消毒隔離命令。

自從1月13日，後金政府就下令在山海關一帶設卡嚴防。1月14日，停售帝奉火車二三等車票，南金鐵路停駛。1月15日陸軍部派軍隊駐扎山海關，阻止入關客貨。1月16日在山海關溝幫子設立隔離區，查有病人就地截留。1月21日又下令「將帝都天風火車一律停止，免致蔓延。」至此，關內外的鐵路交通完全斷絕。後金政府還在山海關設立檢驗所，將陸路南下的旅客留住5日，以防鼠疫蔓延。

在實行隔離的同時，許多地方開展了獎勵捕鼠的活動。在帝都內外城巡警總廳又頒布捕鼠令：照得帝都地方預防鼠疫傳染，如有捕得鼠子者，均就近送至派出所或區署，每活鼠給銅圓二枚，死鼠給銅圓一枚。並傳知各區均立簿冊填列收確數，按日報廳。

在江夏凡捕一鼠持之警局，給銅圓二枚。在天風刻已曉諭軍民人等，嗣後凡捕得老鼠送交該局者，每頭給予銅子一枚，以期根株盡絕。冥北三省更把獎金提高至活鼠斃鼠每個銅幣七枚。據統計，僅奉天省處置的老鼠就有80972只之多。

與此同時，公共衛生也第一次引起了各級政府的重視。北薊省開始在各關檢疫分所於城瓮內設機器葯水見人消毒，屠宰行業每日必須消毒一次，內臟必須當場清洗干凈裝在專用的板箱內，不准暴露在外，工作人員必須穿白色服裝。