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只有步槍更多還只是大刀長矛的日本軍隊，哪里能是裝備精良、有著各種口徑火炮甚至是大口徑艦炮的八國聯軍的對手。對戰（連激戰都算不上）不過兩日，八國聯軍先頭部隊的英國陸軍首先進入東京。隨後東京城防全面失守，八國聯軍朝著戰前議定的不同占領區前進。
八國聯軍東京分成不同的占領區，皇城西北由德軍占領，皇城西南由英軍占領。皇城正東是清軍占領區，東北由美軍、法軍占領，南部則由俄、意、奧三國占領。外城由英軍、美軍、德軍占領，實行軍事統治。。
不得不說的是，抵抗的日本獨立軍前仆後繼和向聯軍發起襲擊，即使被捕也是威武不屈，視死如歸。但也就是這些獨立軍不斷的襲擊最後造成了八國聯軍在占領東京以後大肆屠殺。
然而在此時，清國在戰前向日本增派的朝鮮第一師也到了東京。大清作為藩屬的朝鮮軍隊戰斗力一直倍受大清指責，他們竟然連琉球師都比不上。所以為了證明朝鮮軍隊的戰斗力，剛入城的朝鮮軍在抓捕到日本人後便施以各種酷刑，試驗一顆子彈能穿幾個人，或者故意向身體亂射，讓人身中數彈才痛苦地死去。殺人時，八國聯軍全副武裝「監斬」，從各個角度照相，企圖恐嚇日本人民，如今成為八國聯軍罪行的鐵證。而八國中的清國卻換成了朝鮮。
八國聯軍經常強指人說是日本獨立軍。不由分說加以殺害。聯軍把伏見宮親王府放火燒光，當場燒死1800人。德國侵略軍奉命「在作戰中，只要碰著日本人。無論男、女、老、幼，一概格殺勿論」。法*隊路遇一隊日本人，竟用機槍把人群逼進一條死胡同連續掃射15分鍾，不留一人。
大清第六師按照標准的軍規矩進軍和駐扎，至於朝鮮人所作所為視而不見。不是清軍不喜歡殺戮，而是沒空呀。熟門熟路的清軍稱著夜色將日本國庫最後的80噸黃金中的53噸、兩百萬兩白銀中的120萬兩率先運走。
很多年後，據日本的一些記載說：「城破之日。洋人殺人無數；但聞槍炮轟擊聲，婦幼呼救聲。街上屍體枕籍。」英國人記載說：「東京成了真正的墳場，到處都是死人，無人掩埋他們，任憑野狗去啃食躺著的屍體」。八國聯軍侮辱婦女。任意蹂躪，據記載：「聯軍嘗將其所獲婦女，不分良曲老少，僅驅諸裱褙胡同，使列屋而居，作為官妓。其胡同西頭，當經設法堵塞，以防逃逸。惟留一頭為出入之路，使人監管。任聯軍人等入內游玩，隨意奸宿。」……
(將上文中的日本換成中國，就是八國聯軍在北京干的事。國弱被人欺。千百年來皆如此。)
整個東京唯一安全的地方只有日本皇宮，因為在戰前清國明確的表明態度：日本王室也是大清皇帝的親眷，各國聯軍不得侵擾，日本王更是大清皇帝所封，雖冥頑不靈，但聯軍不得對日本王宮進行占領。但不占領不代表不會搜查。按戰前協議，日本王宮歸屬清國管理。於是清軍沖入日本王宮。將躲藏在王宮內的伏見宮貞愛親王敦宮，於東京街頭凌遲處死。據後人口述，清軍搜查完日本王宮後，宮中侍女少了一多半。
當東京城主要戰事結束，東京被正式占領，八國聯軍司令霍斯特下令全軍放假三天。這是默許各軍士兵可以公開搶劫的三天，整個東京城遭到了空前的浩劫。除日本王宮外，八國聯軍將各類珍寶搶光以後，以搬取大件之物，用大衣包、布袋裝，運回駐地。日本遍地的寺廟也被光顧，鍍金銅佛、錦綉制品、銅器，就連靖國神社前存水的銅缸上面的鍍金，也被聯軍用刺刀刮去，至今刮痕斑斑。法國天主教主教樊國梁從一個官員家里搶走價值100萬兩白銀的財物，法國侵略軍統帥佛爾雷一個人搶劫的珍貴財物就有四十箱。法軍搶劫日本王府及官家中財物多達白銀200萬兩。整個的商店被搶掠一空，尤其是各大金號全部被搶。整個東京房屋被焚毀十分之七八，尤其是俄、意、奧三國占領的東京南部幾乎全部被毀。
當時一位目擊者寫道：「各國洋兵，俱以捕孥獨立軍、搜查槍械為名，在各街巷挨戶踹門而入，卧房密室，無處不至，翻箱倒櫃，無處不搜。凡銀錢鍾表細軟值錢之物，劫擄一空，稍有攔阻，即被殘害。」一個英國人說：「凡是士兵所需要的，都是一派出一隊一隊的士兵去搶劫日本人的財產而得來的。如果士兵需要一些東西，而日本人稍一遲疑的話，就免不了送命。」
聯軍在日本肆意的劫掠，日本人也在獨立軍余黨的鼓動下對聯軍士兵進行各種各樣的襲擊。黑槍暗箭都算是簡單貨色了，那種用在山林里打老虎黑熊的獸夾、毒葯，甚至貞烈一些的日本女性生生的將洋人那貨給一口咬了下來。在聯軍占領東京的十五天內，聯軍在這樣不間斷的打擊下損失慘重。英軍死傷近三百余人，英法德美等國傷亡過百，傷亡最慘重就是意大利了，總共只有85人的意大利軍至今已經傷亡43人，損失過半。
整個東京唯一相對平穩點的地方就是清軍占領的城東地區，清軍自己很少出營地。這必竟是一個全球*件，將來的歷史一定會記載這次八國聯軍進東京的點點滴滴。雖然光緒很想為南京報仇，但那群該死的大臣們沒一個同意。什么殺俘為不祥、殺平民為不義，中華自古為禮儀之邦等等諸多理由。所以駐日清軍不敢肆意妄為。於是整個城東地區實際交由藩屬國朝鮮軍占領，財貨自然有朝鮮軍上交，他們要上繳四成的收入給清軍。至於其它樂和的事。咱犯不著跟那群未開化的洋人一樣不分良曲老少，咱有高級貨，要不然你以為日本王宮那少了一多半的侍女去哪了。
朝鮮軍在城東肆意耍樂，但依然較好的執行了清軍不殺平民不燒房屋不隨意奸淫等條令，於是整個東京無處可處的東京市民漸漸開始向城東匯集，至少城東還能保的了一條命。但隨之而來也有日本獨立軍的人，他們在隱藏在人群中尋機向清朝軍人進行偷襲。清軍很少出營。財貨有朝鮮軍進貢，物資有朝鮮軍補給。營中也有樂子。何必打打殺殺遭人厭煩，再說軍規森嚴，還是不要觸犯的好。
在此其間，企圖瓜分日本國庫的八國聯軍打開位於清國占領區的日本國庫時。發現日本國庫僅余殘羹剩渣。面對七國的指責，清軍開放軍營和軍艦任由八國調查團搜查卻什么也找不到。於是八國聯軍將火發泄到日本人頭上。
也許就是清國過於平和，日本獨立軍的氣焰越發囂張，他們頻繁出擊，用各種武器和陷阱對清朝軍人進行狙殺。日本東京大清占領軍指揮官、大清皇家陸軍第六師師長劉盛休三次出面朝日本市民講話。大清此次進入東京實爭對非法的所謂日本獨立軍而來，希望日本民眾不要包庇這些叛亂分子，主動舉報。然而這並沒什么鳥用，看到自己國家的首都被占領、民眾遭到肆意屠殺和奸淫，誰心里還沒能有個火。
就在八國聯軍進駐東京一個月後。當清國無辜傷亡達到第十五人時，劉盛休再一次向占領區的日本人喊話，然而他才一露面就遭到槍擊。幸好打中的僅是他的一位親兵，於是劉盛休第四次的講話還沒有開始就結束了。當天入夜時分，清朝兩軍都接到命令全部回營。
凌晨三四點的時候，正是人睡的最熟的時間。就在此時，清朝兩軍大營大門打開，總數兩萬四千多人的清朝聯軍將所屬的占領軍分割為十塊。將還在睡夢中的日本人趕了起來，讓他們在廣場、街道上開始大量挖坑。稍有反抗當場屠殺。雖然少數人一開始就知道這是在給自己挖墳墓，但大量日本人迫於清朝軍的威懾，不得不拿起手頭簡陋的工具開始挖坑。
清軍在挖坑？清軍這是要干什么？其它七國聯軍耍樂了一個多月依然沒有玩夠，但大量日本人逃入清軍占領區讓其它七國士兵少了很多樂子，為此他們曾要求清軍驅趕占領區的日本人遭到拒絕。今天突然傳出一直很「老實」的中國人突然在挖坑，這讓其它七國心生好奇紛紛前來觀摩，然而這一挖就挖了整整一天。